Takumiy235 Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP 服务器

UniProt MCP 服务器是一个基于模型上下文协议（MCP）的工具，它为 AI 助手提供了直接从 UniProt 获取蛋白质功能和序列信息的便捷途径，极大地提升了获取蛋白质信息的效率。

🚀 快速开始

1. 确保您的系统安装了 Python 3.10 或更高版本。
2. 克隆此仓库到本地：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安装项目所需的依赖项，您可以选择以下任意一种方式：

   # 使用uv（推荐）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

✨ 主要特性

• 灵活的信息获取：可通过 UniProt 访问ion 号精准获取单个蛋白质信息，也能批量检索多个蛋白质的相关内容。
• 高效的缓存机制：采用带有 24 小时过期时间（24 小时 TTL）的缓存，显著提高服务器性能。
• 完善的错误处理：具备错误处理与日志记录功能，方便问题排查与系统维护。
• 丰富的信息提供：提供的信息涵盖蛋白质名称、功能描述、完整序列、序列长度以及生物物种等。

📦 安装指南

配置文件添加

将以下配置添加到您的 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

💻 使用示例

基础用法

在将服务器配置到 Claude Desktop 后，您可以提出如下问题来获取单个蛋白质信息：

能否获取 UniProt 访问ion 号 P98160 的蛋白质信息？

高级用法

若您需要进行批量查询，可提出类似问题：

能否获取并比较 P04637 和 P02747 两个蛋白质的信息？

📚 详细文档

API 参考

工具

1. get_protein_info

   • 功能：获取单个蛋白质信息。
   • 必要参数：accession（UniProt 访问ion 号）。
   • 示例响应：

     {
       "accession": "P12345",
       "protein_name": "示例蛋白名称",
       "function": ["功能描述"],
       "sequence": "MLTVX...",
       "length": 123,
       "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_protein_info

   • 功能：获取多个蛋白质信息。
   • 必要参数：accessions（UniProt 访问ion 号数组）。
   • 返回值：一个蛋白质信息对象数组。

🔧 技术细节

• Web 界面构建：使用 Flask 框架搭建服务器的 Web 界面，确保系统的稳定性和可扩展性。
• 数据缓存方式：数据缓存采用简单文件存储，有效提升数据读取速度。
• API 接口类型：支持 RESTful API 接口，方便与其他系统进行集成。

问题与反馈

如您在使用过程中遇到任何问题或有改进建议，请及时联系项目维护人员。

通过以上步骤，您可以轻松部署并使用 UniProt MCP 服务器来获取蛋白质信息。