UniProt MCP 服务器

一个 MCP（模型上下文协议）服务器，允许语言模型从 UniProt 数据库获取蛋白质信息。此服务器可以与 Claude Desktop 和其他兼容的 AI 应用程序集成。

功能

• 搜索 UniProt：通过名称、基因或其他标准搜索蛋白质
• 获取蛋白质详细信息：检索有关蛋白质的详细信息
• 获取蛋白质序列：获取氨基酸序列
• 获取蛋白质功能：检索功能注释，包括 GO 术语
• 获取蛋白质结构：查找相关的 PDB 结构

安装

1. 克隆此仓库：

   git clone https://github.com/yourusername/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

2. 创建虚拟环境（可选但推荐）：

   python -m venv venv
   source venv/bin/activate  # 在 Windows 上：venv\Scripts\activate
   

3. 安装依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

使用 Claude Desktop 的本地设置

1. 将服务器脚本设为可执行：

   chmod +x server.py
   

2. 配置 Claude Desktop 使用此 MCP 服务器：

   在 macOS/Linux 上：

   code ~/Library/Application\ Support/Claude/claude_desktop_config.json
   

   在 Windows 上：

   code $env:AppData\Claude\claude_desktop_config.json
   

3. 添加以下配置（更新路径以匹配实际文件位置）：

   {
     "mcpServers": {
       "uniprot": {
         "command": "python",
         "args": [
           "/ABSOLUTE/PATH/TO/uniprot-mcp-server/server.py"
         ]
       }
     }
   }
   

4. 重启 Claude Desktop

使用示例

设置完成后，您可以向 Claude 提问如下问题：

• “查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”
• “获取蛋白 P05067（淀粉样前体蛋白）的序列”
• “TP53 蛋白的功能是什么？”
• “BRCA1 蛋白是否有已知的 3D 结构？”

开发

要直接运行服务器进行测试：

python server.py

测试工具

此项目包含两个测试工具以验证功能：

1. 服务器健康检查

验证 MCP 服务器是否正常启动且无错误：

python server_health_check.py

2. UniProt API 测试

测试与 UniProt API 的连通性，并验证所有 API 调用按预期工作：

python test_server.py

在使用服务器之前运行这些测试，以确保一切配置正确。

许可证

MIT

贡献

欢迎贡献！请随意提交 Pull Request！

1. 叉克仓库：
2. 创建功能分支（git checkout -b feature/amazing-feature）
3. 提交更改（git commit -m 'Add some amazing feature'）
4. 推送到分支（git push origin feature/amazing-feature）
5. 打开 Pull Request