Liftover MCP Server
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Liftover MCP Server

该项目是基于Broad研究所Liftover工具的MCP服务接口,提供基因组坐标转换功能,支持单点、区间、变异和HGVS格式的转换。
2分
4.6K

什么是Liftover MCP服务?

Liftover MCP服务是一个程序化接口,允许用户在不同基因组版本之间转换坐标位置。它基于Broad Institute的Liftover工具,可以处理单个位置、区间、变异以及HGVS符号的转换。

如何使用Liftover MCP服务?

您可以通过配置MCP客户端连接到此服务,然后发送包含基因组位置和转换方向的请求。服务将返回转换后的坐标位置。

适用场景

当您需要在不同基因组版本(如hg19到hg38)之间转换基因坐标时,此服务特别有用。适用于基因组数据分析、变异注释和临床基因组学研究。

主要功能

单点位置转换
支持转换单个基因组坐标位置
区间转换
支持转换基因组坐标区间(起始和结束位置)
变异转换
支持转换包含参考和变异等位基因的基因组变异
HGVS符号转换
支持基于转录本ID和HGVS符号的转换
优势
基于Broad Institute权威的Liftover工具
支持多种输入格式(单点、区间、变异、HGVS)
程序化接口便于集成到分析流程中
局限性
目前处于开发阶段,API可能变更
依赖Broad Institute的网络服务
不支持批量转换

如何使用

配置MCP客户端
在您的MCP客户端配置中添加Liftover服务器
安装依赖
确保已安装所有必要的Python依赖
启动服务器
运行服务器程序

使用案例

转换基因组坐标
将hg19版本的8号染色体141310715位置转换为hg38版本
转换HGVS符号
将基于hg19的HGVS变异符号转换为hg38版本

常见问题

这个服务是否支持批量转换?
支持哪些基因组版本之间的转换?
是否需要安装本地Liftover工具链?

相关资源

Broad Institute Liftover
原始Liftover工具网站
FastMCP GitHub仓库
FastMCP项目主页
Apache License 2.0
项目使用的许可证

安装

复制以下命令到你的Client进行配置
{
    "mcpServers": {
      "liftover": {
        "command": "uv",
        "args": ["--directory", "where you cloned the repo", "run", "server.py"],
        "env": {}
      }
    }
}
注意:您的密钥属于敏感信息,请勿与任何人分享。

替代品

K
Klavis
Klavis AI是一个开源项目,提供在Slack、Discord和Web平台上简单易用的MCP(模型上下文协议)服务,包括报告生成、YouTube工具、文档转换等多种功能,支持非技术用户和开发者使用AI工作流。
TypeScript
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M
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微软官方MCP服务器,为AI助手提供最新微软技术文档的搜索和获取功能
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A
Aderyn
Aderyn是一个开源的Solidity智能合约静态分析工具,由Rust编写,帮助开发者和安全研究人员发现Solidity代码中的漏洞。它支持Foundry和Hardhat项目,可生成多种格式报告,并提供VSCode扩展。
Rust
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D
Devtools Debugger MCP
Node.js调试器MCP服务器,提供基于Chrome DevTools协议的完整调试功能,包括断点设置、单步执行、变量检查和表达式评估等
TypeScript
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S
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Python
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M
Mcpjungle
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Go
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C
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Cipher是一个专为编程AI代理设计的开源记忆层框架,通过MCP协议与各种IDE和AI编码助手集成,提供自动记忆生成、团队记忆共享和双系统记忆管理等核心功能。
TypeScript
0
5分
N
Nexus
Nexus是一个AI工具聚合网关,支持连接多个MCP服务器和LLM提供商,通过统一端点提供工具搜索、执行和模型路由功能,支持安全认证和速率限制。
Rust
0
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D
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已认证
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F
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TypeScript
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F
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TypeScript
97.4K
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TypeScript
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E
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EdgeOne Pages MCP是一个通过MCP协议快速部署HTML内容到EdgeOne Pages并获取公开URL的服务
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B
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C
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