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Liftover MCP Server
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什么是Liftover MCP服务?
Liftover MCP服务是一个程序化接口,允许用户在不同基因组版本之间转换坐标位置。它基于Broad Institute的Liftover工具,可以处理单个位置、区间、变异以及HGVS符号的转换。如何使用Liftover MCP服务?
您可以通过配置MCP客户端连接到此服务,然后发送包含基因组位置和转换方向的请求。服务将返回转换后的坐标位置。适用场景
当您需要在不同基因组版本(如hg19到hg38)之间转换基因坐标时,此服务特别有用。适用于基因组数据分析、变异注释和临床基因组学研究。主要功能
单点位置转换支持转换单个基因组坐标位置
区间转换支持转换基因组坐标区间(起始和结束位置)
变异转换支持转换包含参考和变异等位基因的基因组变异
HGVS符号转换支持基于转录本ID和HGVS符号的转换
优势与局限性
优势
基于Broad Institute权威的Liftover工具
支持多种输入格式(单点、区间、变异、HGVS)
程序化接口便于集成到分析流程中
局限性
目前处于开发阶段,API可能变更
依赖Broad Institute的网络服务
不支持批量转换
如何使用
配置MCP客户端在您的MCP客户端配置中添加Liftover服务器
安装依赖确保已安装所有必要的Python依赖
启动服务器运行服务器程序
使用案例
转换基因组坐标将hg19版本的8号染色体141310715位置转换为hg38版本
转换HGVS符号将基于hg19的HGVS变异符号转换为hg38版本
常见问题
1
这个服务是否支持批量转换?目前版本不支持批量转换,每次请求只能处理一个位置或变异。
2
支持哪些基因组版本之间的转换?支持Broad Institute Liftover工具支持的所有基因组版本,如hg19到hg38等。
3
是否需要安装本地Liftover工具链?不需要,此服务通过API调用Broad Institute的网络服务。
相关资源
Broad Institute Liftover原始Liftover工具网站
FastMCP GitHub仓库FastMCP项目主页
Apache License 2.0项目使用的许可证
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