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GWAS Catalog MCP Server

GWAS Catalog MCP Server

该项目是一个提供GWAS Catalog REST API程序化接口的MCP服务器，支持访问GWAS研究、变异、性状和关联数据，并自动处理大规模结果集。
研究与数据开发者工具#GWAS数据#API接口#生物信息 .Python
2分
0
2025-04-29 01:11:10
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GWAS 分析服务器 (MCP 服务器) 文档

简介

该 MCP 服务器为遗传学研究者提供了一个强大的工具箱，用于执行大规模的 GWAS（全基因组关联研究）分析。通过整合 EBRL-EBI 的 GWAS 目录 REST API 和 GWAS 总结统计数据 API，MCP 服务器能够高效地处理多个 SNP（单核苷酸多态性）与疾病表型之间的关系分析。

功能

  1. 获取基因组区域的显著关联

    • 执行多 SNP 关联测试 (MCP) 分析。
    • 支持任意大小的基因组区域输入。
    • 自动排除低质量或未通过 QC 的 SNP。

  2. GWAS 目录数据查询

    • 通过预存储的 GWAS 数据进行关联分析结果的快速检索。

  3. 总结统计数据 API 集成

    • 利用 EBRL-EBI 提供的 GWAS 总结统计数据执行二次分析。
    • 支持灵活的数据输入格式，包括直接从文献中提取的统计值。

  4. 高级数据处理功能

    • 处理大规模 GWAS 数据时提供自动化的内存管理。
    • 自动保存和管理中间结果文件。

输入参数说明

基本接口参数

所有 API 请求都需要包含以下公共参数：

参数名称 类型 是否必填 说明
api_key string 必填 用户的 API 访问密钥
memory_limit integer 可选，默认为 5000 设置处理过程中的最大内存阈值
output_format string 可选，可取值 "json" 或 "csv" 设置输出结果格式，默认为 json

功能接口参数

单 SNP 显著性检验

curl -X POST http://mcp_server/api/single-snp-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease"}'
参数名称 类型 是否必填 说明
snp_id string 必填 SNP 的唯一标识符
phenotype string 必填 目标表型或疾病

区域显著性检验

curl -X POST http://mcp_server/api/region-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"chromosome":"1", "start":10000, "end":20000}'
参数名称 类型 是否必填 说明
chromosome string 必填 染色体编号，例如："1"、"X" 等
start integer 必填 区域起始位置（碱基对）
end integer 必填 区域终止位置（碱基对）

转录因子富集分析

curl -X POST http://mcp_server/api/transcription-factor-enrichment \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease"}'
参数名称 类型 是否必填 说明
snp_id string 必填 SNP 的唯一标识符
phenotype string 必填 目标表型或疾病

输出格式

JSON 响应结构

所有 API 请求的响应都将返回以下统一的 JSON 格式：

{
  "status": {
    "code": integer,   // 状态码，0 表示成功
    "message": string   // 状态描述信息
  },
  "result": {
    // 具体功能相关的分析结果
  }
}

结果字段说明

对于单 SNP 显著性检验：

{
  "p_value": float,       // 单侧 p 值
  "q_value": float,       // 多重校正后的 q 值
  "odds_ratio": float     // 相对风险比
}

对于区域显著性检验：

{
  "region_scores": [
    {
      "position": integer,
      "score": float
    }
  ],
  "top_hit": {
    "position": integer,
    "p_value": float
  }
}

注意事项

  1. API 访问限制

    • 每个 API 密钥每天最多允许 100 次调用。
    • 对于高频率使用用户，建议升级至付费版服务。

  2. 数据输入规范

    • 所有 SNP ID 必须符合 dbSNP 格式规范。
    • 建议提前进行 QC 处理以提高分析效率。

  3. 结果文件管理

    • 自动保存的中间结果文件默认保留 7 天，超过期限后将被自动删除。
    • 如需长期保存，请及时下载结果文件。

  4. 内存限制设置

    • 推荐在处理大规模数据时将 memory_limit 参数设置为可用内存的 80%。
    • 内存使用过载可能导致分析过程中断，建议合理分配资源。

  5. 错误处理机制

    • 系统自动捕获和记录所有运行时错误信息。
    • 可通过日志查询具体错误原因和解决建议。

示例

请求示例：单 SNP 显著性检验

curl -X POST http://mcp_server/api/single-snp-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease", "api_key":"your_api_key"}'

响应示例：

{
  "status": {
    "code": 0,
    "message": "Success"
  },
  "result": {
    "p_value": 0.001234,
    "q_value": 0.005678,
    "odds_ratio": 1.23
  }
}

联系方式

如需获取更多技术支持或反馈问题，请联系：support@mcp-server.com