MCP Nf Core

🚀 Nf-core工具MCP（非官方）

本项目是一个用于实验nf-core工具功能的MCP仓库，提供了一套访问nf-core工具的实用工具，可用于管道和模块操作。

🚀 快速开始

此MCP提供了一套访问nf-core工具的工具，用于管道和模块：

• 使用nf-core模板创建管道
• 列出nf-core模块
• 使用nf-core模块模板创建模块
• 将现有的nf-core模块安装到您的管道或模块仓库中

出于测试目的，从命令行（cli）和直接从Python包实现了这些工具。为这两种实现存在两个不同的MCP服务器文件：

1. nf-core.test-server.cli.py
2. nf-core.test-server.python.py

📦 安装指南

依赖安装

• Claude Desktop App
• Uv
• nf-core tools

使用FastMCP在Claude Desktop中安装

1. 创建带有uv的venv：

uv venv

2. 激活环境：

source .venv/bin/activate

3. 添加所需包：

uv add "mcp[cli]" nf-core

4. 安装服务器

fastmcp install nf-core.test-server.cli.py ## 基于CLI的服务器
fastmcp install nf-core.test-server.python.py ## 基于Python的服务器

将服务器添加到Cursor

{
  "mcpServers": {
    "mix_server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "[完整路径到服务器目录（此仓库文件夹）]",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}