SAMtools MCP（模型控制协议）

为SAMtools提供的一个标准化接口实现，用于处理SAM/BAM/CRAM文件。

特性

• 查看并转换SAM/BAM/CRAM文件
• 排序比对文件
• 索引BAM/CRAM文件
• 生成统计信息
• 合并多个BAM文件
• 计算读取深度
• 索引FASTA文件
• 以及其他更多功能...

核心能力

• 文件格式支持：处理SAM（文本）、BAM（二进制）和CRAM（压缩）比对文件
• 格式转换：在SAM、BAM和CRAM格式之间无缝转换
• 区域特定分析：提取并分析特定基因组区域
• 标志位过滤：根据SAM标志位进行过滤
• 性能优化：多线程操作用于排序和合并
• 统计分析：生成全面的比对统计信息

工具概览

安装指南

使用Docker安装

# 下载并运行SAMtools镜像
docker pull samtools/gatk4:latest
docker run -it samtools/gatk4:latest

本地安装

1. 访问SAMtools下载页面
2. 根据系统选择对应版本进行编译和安装。

配置指南

Docker配置

{
    "version": "0.1",
    "services": {
        "samtools": {
            "image": "samtools/gatk4:latest",
            "container_name": "samtools-service",
            "restart": "always"
        }
    }
}

本地配置（示例）

# 配置环境变量
export PATH=/path/to/samtools:$PATH

# 创建配置文件
touch ~/.config/samtools/config.json

使用指南

基本用法

# 查看比对文件
samtools view -h input.bam | less

# 排序比对文件
samtools sort input.bam output.sorted

# 索引排序后的文件
samtools index output.sorted.bam

高级功能示例

# 合并多个BAM文件
samtools merge -f output.bam sample1.bam sample2.bam

# 计算特定区域的读取深度
samtools depth -r chr1:1-1000000 merged.bam > depth.txt

贡献指南

欢迎贡献！请随时提交Pull Request。

授权协议

本项目采用MIT许可证，详细信息请查看LICENSE文件。