UniProt MCP 服务器

一个提供UniProt蛋白质信息的模型上下文协议（MCP）服务器。该服务器允许AI助手直接从UniProt获取蛋白质功能和序列信息。

特性

• 通过 UniProt 访问ion号获取蛋白质信息
• 批量检索多个蛋白质的信息
• 带有24小时过期时间的缓存以提高性能
• 错误处理和日志记录
• 包括以下信息：
  • 蛋白质名称
  • 功能描述
  • 完整序列
  • 序列长度
  • 生物物种

快速开始

1. 确保安装了Python 3.10或更高版本
2. 克隆此仓库：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安装依赖项：

   # 使用uv（推荐）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

配置

添加到您的Claude Desktop配置文件中：

• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

使用示例

在配置服务器于Claude Desktop后，您可以提出以下问题：

能否获取UniProt访问ion号P98160的蛋白质信息？

对于批量查询：

能否获取并比较P04637和P02747两个 UniProt 访问ion号对应的蛋白质信息？

API 参考

工具

1. get_protein_info

   • 获取单个蛋白质的信息
   • 必要参数：accession（UniProt访问ion号）
   • 示例响应：

     {
       "accession": "P12345",
       "name": "蛋白质名称",
       "function": "蛋白质功能描述",
       "sequence": "MKTMDVLLMVLTALAVLYQRL...",
       "length": 1024,
       "species": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_proteins

   • 批量获取多个蛋白质的信息
   • 必要参数：accessions（包含多个访问ion号的列表）
   • 可选参数：include_sequence（是否包含序列，默认为true）

开发信息

克隆仓库

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

安装依赖项

pip install -r requirements.txt

启动服务器

python server.py

技术细节

• 使用httpx进行HTTP请求
• 基于OrderedDict的缓存实现
• 支持多线程处理并发请求
• 内置错误处理机制

错误处理

可能的错误

1. 无效访问ion号

   • 返回400 Bad Request
   • 示例响应：

     {
       "error": "Invalid accession number"
     }
     

2. 网络错误

   • 返回503 Service Unavailable
   • 示例响应：

     {
       "error": "Network error occurred while fetching data"
     }
     

贡献指南

如何贡献

1. 叉仓库：git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
2. 创建功能分支：git checkout -b feature/your-feature-name
3. 提交更改：git commit -m "你的提交信息"
4. 推送到远程仓库：git push origin feature/your-feature-name
5. 提交拉取请求

代码规范

• 遵循PEP8编码规范
• 使用有意义的变量名
• 添加详细的注释
• 确保代码可读性

许可证

本项目 licensed under the MIT License - 请查看 LICENSE 文件以获取详细信息。

致谢

• UniProt 提供蛋白质数据API
• Anthropic 提供模型上下文协议规范
• 所有贡献者帮助改进此项目