Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP 服务器

UniProt MCP 服务器是一个基于模型上下文协议（MCP）的服务器，它能够让 AI 助手直接从 UniProt 获取蛋白质的功能和序列信息，为蛋白质信息的获取提供了便捷的途径。

🚀 快速开始

1. 确保您的系统已安装 Python 3.10 或更高版本。
2. 克隆此仓库：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安装依赖项：

   # 使用uv（推荐）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

✨ 主要特性

• 可通过 UniProt 访问ion号获取蛋白质信息。
• 支持批量检索多个蛋白质的信息。
• 带有 24 小时过期时间的缓存机制，有效提高性能。
• 具备错误处理和日志记录功能。
• 可提供的信息包括：
  • 蛋白质名称
  • 功能描述
  • 完整序列
  • 序列长度
  • 生物物种

📦 安装指南

克隆仓库

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

安装依赖项

pip install -r requirements.txt

启动服务器

python server.py

💻 使用示例

基础用法

在将服务器配置到 Claude Desktop 后，您可以提出如下问题：

能否获取UniProt访问ion号P98160的蛋白质信息？

高级用法

对于批量查询，您可以这样提问：

能否获取并比较P04637和P02747两个 UniProt 访问ion号对应的蛋白质信息？

📚 详细文档

配置

将以下内容添加到您的 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

API 参考

工具

1. get_protein_info
   • 功能：获取单个蛋白质的信息。
   • 必要参数：accession（UniProt 访问ion号）。
   • 示例响应：

     {
       "accession": "P12345",
       "name": "蛋白质名称",
       "function": "蛋白质功能描述",
       "sequence": "MKTMDVLLMVLTALAVLYQRL...",
       "length": 1024,
       "species": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_proteins
   • 功能：批量获取多个蛋白质的信息。
   • 必要参数：accessions（包含多个访问ion号的列表）。
   • 可选参数：include_sequence（是否包含序列，默认为 true）。

🔧 技术细节

• 使用 httpx 进行 HTTP 请求。
• 基于 OrderedDict 实现缓存机制。
• 支持多线程处理并发请求。
• 内置错误处理机制。

错误处理

可能的错误

1. 无效访问ion号
   • 返回 400 Bad Request。
   • 示例响应：

     {
       "error": "Invalid accession number"
     }
     

2. 网络错误
   • 返回 503 Service Unavailable。
   • 示例响应：

     {
       "error": "Network error occurred while fetching data"
     }
     

贡献指南

如何贡献

1. 叉仓库：git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
2. 创建功能分支：git checkout -b feature/your-feature-name
3. 提交更改：git commit -m "你的提交信息"
4. 推送到远程仓库：git push origin feature/your-feature-name
5. 提交拉取请求。

代码规范

• 遵循 PEP8 编码规范。
• 使用有意义的变量名。
• 添加详细的注释，确保代码可读性。

📄 许可证

本项目遵循 MIT 许可证 - 请查看 LICENSE 文件以获取详细信息。

致谢

• UniProt 提供蛋白质数据 API。
• Anthropic 提供模型上下文协议规范。
• 所有贡献者帮助改进此项目。