Pdb MCP Server

🚀 PDB MCP服务器

PDB MCP服务器是一个模型上下文协议（MCP）服务器，它提供对蛋白质数据库（PDB）的访问。PDB是全球范围内有关蛋白质、核酸和复杂复合物三维结构信息的存储库。

✨ 主要特性

工具

• search_structures：通过关键词、蛋白质名称或PDB ID在PDB数据库中搜索蛋白质结构。
• get_structure_info：获取特定PDB结构的详细信息。
• download_structure：以各种格式（PDB、mmCIF、mmTF、XML）下载结构坐标。
• search_by_uniprot：查找与UniProt编号相关的PDB结构。
• get_structure_quality：获取结构质量指标和验证数据。

资源

• pdb://structure/{pdb_id}：特定PDB ID的完整结构信息。
• pdb://coordinates/{pdb_id}：PDB格式的结构坐标。
• pdb://mmcif/{pdb_id}：mmCIF格式的结构数据。
• pdb://validation/{pdb_id}：结构验证数据和质量指标。
• pdb://ligands/{pdb_id}：配体和结合位点信息。
• pdb://search/{query}：与查询匹配的结构搜索结果。

📦 安装指南

npm install
npm run build

💻 使用示例

与Claude桌面应用配合使用

将以下内容添加到 claude_desktop_config.json 文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查询

1. 搜索胰岛素结构：

使用 search_structures 工具查找胰岛素蛋白质结构。

2. 获取特定结构的信息：

使用 get_structure_info 获取PDB结构1ABC的详细信息。

3. 下载结构坐标：

使用 download_structure 下载结构1ABC的PDB文件。

4. 查找UniProt蛋白质的结构：

使用 search_by_uniprot 查找UniProt编号为P01308的PDB结构。

5. 检查结构质量：

使用 get_structure_quality 获取PDB结构1ABC的验证指标。

6. 直接访问资源：

显示资源 pdb://structure/1abc

📚 详细文档

API集成

该服务器与以下API集成：

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/)：用于获取结构元数据和信息。
• RCSB PDB Search API (https://search.rcsb.org/)：用于高级搜索功能。
• RCSB PDB File Download (https://files.rcsb.org/)：用于下载结构文件。

结构数据格式

• PDB：原始蛋白质数据库格式。
• mmCIF：大分子晶体学信息文件（较新的标准）。
• mmTF：大分子传输格式（二进制、压缩）。
• XML：可扩展标记语言格式。

质量指标

服务器提供各种结构质量指标：

• 分辨率（用于X射线晶体学）
• R工作值和R自由值
• Ramachandran图统计数据
• 冲突分数
• 旋转异构体异常值
• 模型验证分数

互补服务器

此PDB服务器可与以下服务器很好地配合使用：

• UniProt MCP服务器：用于获取蛋白质序列和功能信息。
• AlphaFold MCP服务器：用于获取预测的蛋白质结构。

这些服务器共同提供对蛋白质结构和功能数据的全面访问。

错误处理

服务器包含强大的错误处理机制，可处理以下情况：

• 无效的PDB ID
• 网络连接问题
• API速率限制
• 缺失的结构文件
• 格式错误的请求

🔧 技术细节

开发

# 安装依赖
npm install

# 构建服务器
npm run build

# 在开发模式下运行
npm run dev

📄 许可证

归属

本项目由 Augmented Nature 开发。 🌐 网站：augmentednature.ai

引用

如果您在研究或出版物中使用本项目，请按以下方式引用：

@misc{pdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}