String Db MCP Server

🚀 非官方STRING MCP服务器

这是一个用于访问STRING蛋白质相互作用数据库的综合模型上下文协议（MCP）服务器。该服务器通过STRING API为蛋白质网络分析、功能富集和比较基因组学提供了强大的工具。

✨ 主要特性

工具（6个综合工具）

• get_protein_interactions：获取特定蛋白质的直接相互作用伙伴，同时提供置信度分数和证据类型。
• get_interaction_network：为多个蛋白质构建并分析蛋白质相互作用网络。
• get_functional_enrichment：使用GO术语、KEGG通路和其他注释进行功能富集分析。
• get_protein_annotations：获取详细的蛋白质注释和功能信息。
• find_homologs：跨不同物种查找同源蛋白质，以进行比较分析。
• search_proteins：按名称或标识符跨多个物种搜索蛋白质。

资源（6个资源模板）

• string://network/{protein_ids}：指定蛋白质的蛋白质相互作用网络数据。
• string://enrichment/{protein_ids}：蛋白质集的功能富集分析结果。
• string://interactions/{protein_id}：特定蛋白质的直接相互作用伙伴。
• string://homologs/{protein_id}：跨不同物种的同源蛋白质。
• string://annotations/{protein_id}：详细的蛋白质注释和功能信息。
• string://species/{taxon_id}：特定物种的数据和蛋白质计数。

📦 安装指南

npm install
npm run build

💻 使用示例

搭配Claude Desktop使用

将以下内容添加到你的 claude_desktop_config.json 文件中：

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查询

1. 查找蛋白质相互作用：

使用get_protein_interactions获取胰岛素（INS）的相互作用伙伴

2. 构建蛋白质网络：

使用get_interaction_network为胰岛素信号蛋白（INS、INSR、IRS1、AKT1）构建相互作用网络

3. 功能富集分析：

对这些糖尿病相关蛋白质（INS、INSR、IRS1、GLUT4、AKT1）进行功能富集分析

4. 查找蛋白质同源物：

使用find_homologs查找人类胰岛素（INS）在小鼠和大鼠中的同源物

5. 搜索蛋白质：

使用search_proteins以查询词 "insulin" 搜索与胰岛素相关的蛋白质

6. 获取蛋白质注释：

使用get_protein_annotations获取胰岛素受体通路蛋白质的详细注释

7. 直接访问资源：

显示资源 string://network/INS,INSR,IRS1

🔧 技术细节

API集成

本服务器与 STRING数据库API（https://string-db.org/）集成：

• STRING REST API：用于获取蛋白质相互作用数据、注释和同源信息。
• 多物种支持：支持超过5000种生物。
• 证据类型：包括邻域、融合、共现、共表达、实验、数据库和文本挖掘。
• 置信度评分：相互作用的置信度分数范围为0 - 1000。

关键特性

蛋白质相互作用分析

• 直接相互作用：查找直接的相互作用伙伴。
• 网络构建：构建全面的相互作用网络。
• 证据分类：7种相互作用证据类型。
• 置信度评分：定量的相互作用置信度。

功能分析

• GO富集：基因本体论术语富集。
• KEGG通路：代谢和信号通路分析。
• 自定义背景：使用自定义蛋白质集作为背景。
• 统计显著性：P值和FDR校正。

比较基因组学

• 跨物种分析：跨生物查找同源物。
• 进化关系：分析蛋白质进化。
• 物种过滤：专注于特定的分类群。
• 直系同源物鉴定：区分直系同源物和旁系同源物。

网络属性

• 拓扑分析：网络密度、聚类和连通性。
• 枢纽鉴定：查找高度连接的蛋白质。
• 模块检测：识别蛋白质复合物和模块。
• 路径分析：查找蛋白质之间的最短路径。

互补服务器

此STRING服务器与以下服务器配合使用效果极佳：

• UniProt MCP服务器：用于获取蛋白质序列和详细的功能注释。
• PDB MCP服务器：用于获取蛋白质结构和结构分析。
• AlphaFold MCP服务器：用于获取预测的蛋白质结构。 这些服务器共同提供了全面的蛋白质分析：序列 → 结构 → 相互作用 → 功能。

数据质量与验证

• 精选数据：STRING将精选数据库与计算预测相结合。
• 证据整合：使用概率框架整合多种证据类型。
• 定期更新：数据库定期使用新的实验数据进行更新。
• 质量评分：每个相互作用都有相关的置信度分数。

错误处理

服务器包含强大的错误处理机制，可处理以下情况：

• 无效的蛋白质标识符
• 网络连接问题
• API速率限制
• 物种验证
• 参数验证
• 格式错误的请求

开发

# 安装依赖
npm install

# 构建服务器
npm run build

# 在开发模式下运行
npm run dev

📄 许可证

归属

本项目由 Augmented Nature 开发。 🌐 网站：augmentednature.ai

关于STRING数据库：STRING是一个已知和预测的蛋白质 - 蛋白质相互作用数据库。这些相互作用包括直接（物理）和间接（功能）关联；它们来自计算预测、生物之间的知识转移以及从其他（主要）数据库汇总的相互作用。

引用

如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：

@misc{stringdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}