MCP Lammps

🚀 MCP LAMMPS服务器

这是一个模型上下文协议（MCP）服务器，它使AI助手能够与LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）进行交互，以开展分子动力学模拟。

🚀 快速开始

状态

本项目仍处于实验阶段，此软件包是与AI编程助手合作开发的。

概述

此MCP是我们基于大语言模型（LLM）进行自主计算材料设计工作流程的一部分。该MCP服务器提供了一个标准化接口，可通过自然语言命令控制LAMMPS分子动力学模拟。它使AI助手能够：

• 搭建并配置分子动力学模拟
• 运行平衡和生产模拟
• 实时监控模拟进度
• 分析模拟结果
• 管理模拟工作流程

✨ 主要特性

核心功能

• 模拟管理：创建、配置和运行LAMMPS模拟
• 结构处理：从多种格式加载分子结构
• 实时监控：跟踪模拟进度和系统属性
• 分析工具：处理轨迹并计算热力学性质
• 工作流自动化：定义并执行多步模拟工作流程

📦 安装指南

前提条件

• Python 3.9或更高版本
• 带有Python接口的LAMMPS

快速上手

1. 克隆仓库：

   git clone https://github.com/mcp-lammps/mcp-lammps.git
   cd mcp-lammps
   

2. 创建虚拟环境：

   python -m venv venv
   source venv/bin/activate  # 在Windows上：venv\Scripts\activate
   

3. 安装依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

4. 以开发模式安装：

   pip install -e .
   

💻 使用示例

基础用法

启动MCP服务器：

python -m mcp_lammps.server

配置

可以通过环境变量或配置文件对服务器进行配置：

export MCP_LAMMPS_LOG_LEVEL=INFO
export MCP_LAMMPS_WORK_DIR=/path/to/workspace
python -m mcp_lammps.server

示例提示

创建一个包含10个水分子的模拟，保存相关文件，在选定文件夹（examples）中以300 K的温度在NVT系综下运行模拟

📚 详细文档

项目结构

mcp_lammps/
├── src/mcp_lammps/
│   ├── server.py              # 主MCP服务器
│   ├── lammps_interface.py    # LAMMPS包装器
│   ├── simulation_manager.py  # 模拟管理
│   ├── data_handler.py        # 数据处理
│   ├── tools/                 # MCP工具
│   └── utils/                 # 实用工具
├── tests/                     # 测试套件
├── examples/                  # 使用示例
└── docs/                      # 文档

贡献方式

1. 复刻仓库
2. 创建功能分支
3. 进行更改
4. 为新功能添加测试
5. 确保所有测试通过
6. 提交拉取请求

📄 许可证

本项目采用Apache许可证 - 详情请参阅LICENSE文件。

致谢

• 感谢LAMMPS开发团队提供分子动力学引擎
• 感谢模型上下文协议社区提供MCP框架
• 感谢科学计算社区提供灵感和反馈
• 感谢大语言模型协助编写代码