生物代理 MCP 项目

一个由微服务和客户端组成的集合，用于通过自然语言与生物数据库进行交互。

组件

• LLM 客户端：带有网络界面和终端模式的自然语言接口
• PDB MCP 服务器：蛋白数据银行 API 服务
• ChEMBL MCP 服务器：化学数据库 API 服务

架构

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM 界面    │     │ Ollama 大语言模型  │
│ (Chainlit)    │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM 客户端             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │ ChEMBL MCP  │
│   服务器    │     │    服务器    │
└─────────────┘     └──────────────┘

快速开始

1. 配置环境：

cp .env.example .env

2. 启动服务：

make build
make up

3. 启动网络界面：

make run-chainlit

访问 http://localhost:8000 开始查询生物数据。

开发

• 使用 make help 查看可用命令
• 每个服务都有自己的 README 文件，包含详细文档
• 配置文件位于 conf/ 目录中

说明

此项目包含多个模块，使用 FastMCP 框架与各种服务和 API 进行交互。每个模块都可以独立运行或通过 Docker Compose 一起运行。该项目的主要关注点是生物代理，提供与生物数据源（如蛋白数据银行 PDB）交互的工具和服务。

模块

LLM 客户端

llm-client 模块提供一个客户端，用于与大语言模型服务器交互，处理查询并利用可用工具。它使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp）。

了解更多，请参阅 LLM 客户端 README。

蛋白数据银行

protein_data_bank_mcp 模块提供一个服务器，用于与蛋白数据银行 (PDB) API 交互，获取结构装配描述、化学成分、drugbank 注释、分支实体、非聚合实体、聚合实体、uniprot 注释、结构、pubmed 注释、pdb 聚类数据聚合、聚类组来源、pdb 聚类数据聚合方法以及成对多聚体界面描述。它使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp）。

了解更多，请参阅 蛋白数据银行 README。

Docker

为每个模块提供了 Dockerfile 用于构建 Docker 镜像。

• 构建 Docker 镜像：

  docker build -t <模块名称> .
  

• 运行 Docker 容器：

  docker run --env-file .env <模块名称>
  

Docker Compose

提供了一个 docker-compose.yml 文件用于一起运行所有服务。

• 启动所有服务：

  docker-compose up -d
  

• 停止所有服务：

  docker-compose down
  

Makefile

提供一个 Makefile 简化常见任务。

• 可用目标：
  • setup-env：设置初始环境。
  • build：构建所有 Docker 镜像。
  • up：启动所有服务。
  • down：停止所有服务。