Molecule MCP

一个基于MCP协议的分子可视化服务器，提供SMILES代码的分子结构可视化、分子属性计算和常见分子数据库查询功能，支持与Claude等LLM应用集成。

教育与学习工具研究与数据 #分子可视化 #化学工具 #SMILES解析 #药物属性 .Python

评分 : 2分

下载量 : 6

更新时间 : 2025-04-29

什么是分子可视化MCP服务器？

这是一款基于MCP协议的服务器，旨在通过SMILES字符串或常见分子名称生成分子的2D图像，并提供分子性质的详细信息。它适用于化学教育、研究和分析。

如何使用分子可视化MCP服务器？

用户可以通过简单的命令或图形界面输入分子名称或SMILES字符串，服务器将返回分子图像及详细属性。

适用场景

该工具非常适合化学教育、分子研究、药物设计以及化学科普应用。

主要功能

分子图像生成根据输入的SMILES字符串或分子名称，生成高质量的2D分子图像。

分子性质分析计算并显示分子的基本属性，如分子式、分子量、氢键供体数等。

常见分子数据库内置多个常见分子数据库，支持快速查询。

自定义图像设置支持调整图像尺寸和显示选项，如是否显示原子索引。

优势与局限性

优势

强大的分子可视化能力，支持多种输入方式。

丰富的分子性质计算功能。

内置常见分子数据库，方便快速查询。

易于集成到其他应用程序中。

局限性

需要安装特定的依赖项和环境。

某些复杂分子可能无法准确显示。

仅支持2D分子图像生成。

如何使用

安装服务器

按照提供的安装指南，克隆代码并安装所需依赖。

启动服务器

运行服务器脚本以开始监听MCP请求。

在Claude Desktop中配置

编辑Claude Desktop配置文件以添加服务器地址。

使用案例

生成阿司匹林的分子图像用户输入阿司匹林的名称，服务器返回其2D图像。

获取对乙酰氨基酚的分子性质用户输入对乙酰氨基酚的名称，服务器返回其分子性质。

常见问题

如何安装服务器？

服务器支持哪些常见分子？

服务器能否处理复杂的分子？

🚀 分子可视化工具文档

本工具致力于为常见分子提供可视化支持，具备分子结构分析与化学计算功能。用户可借助命令行接口与服务器交互，实现分子图像生成、属性查询以及数据库访问。

🚀 快速开始

本工具可帮助用户轻松实现分子的可视化、属性查询等功能。通过命令行接口，用户能方便地与服务器交互，获取所需信息。

✨ 主要特性

提供分子结构可视化支持。
集成常见分子数据库。
具备化学属性计算工具。
支持新增分子类型。
可扩展化学分析算法。
维护统一的日志系统。

📦 安装指南

项目依赖

项目所需的第三方库已明确列于 requirements.txt 文件中：

mcp[cli]>=0.1.0
rdkit>=2023.3.1
pillow>=10.0.0

建议使用 Python 3.8 或更高版本进行安装和运行。

运行服务器

要启动分子可视化服务器，请执行以下命令：

python molecule_server.py

💻 使用示例

基础用法

工具接口

显示分子结构

visualize_molecule --query <分子名称或SMILES字符串>

导出为Base64编码图像

visualize_molecule_base64 --query <分子名称或SMILES字符串>

获取分子属性信息

get_molecule_properties --query <分子名称或SMILES字符串>

列出所有支持的分子

list_common_molecules

获取特定分子的SMILES编码

get_smiles_for --name <分子名称>

资源接口

获取分子基本信息

molecule://{name}/info

获取分子结构数据

molecule://{name}/structure

查看分子属性

molecule://{name}/properties

高级用法

示例1：可视化 aspirin 分子

from mcp import ClientSession, StdioServerParameters
from mcp.client.stdio import stdio_client

async def visualize_aspirin():
    server_params = StdioServerParameters(
        command="python",
        args=["aspirin_visualizer.py"],
        env=None
    )
    
    async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
        client = ClientSession(stdin, stdout)
        await client.initialize()
        
        # 调用可视化工具
        result = await client.call_tool("visualize_molecule", {"query": "aspirin"})
        
        # 保存图像文件
        with open("aspirin_visualization.png", "wb") as f:
            f.write(result.content[0].image.data)

示例2：获取咖啡因的分子属性

async def get_caffeine_properties():
    server_params = StdioServerParameters(
        command="python",
        args=["caffeine_analyzer.py"],
        env=None
    )
    
    async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
        client = ClientSession(stdin, stdout)
        await client.initialize()
        
        # 查询分子属性
        result = await client.call_tool("get_molecule_properties", {"query": "caffeine"})
        print(result.content[0].text)

📚 详细文档

项目需求

功能需求

核心功能：分子结构可视化支持、常见分子数据库集成、化学属性计算工具。
可扩展性要求：支持新增分子类型、扩展化学分析算法、维护统一的日志系统。
性能指标：分子渲染效率要求单个分子渲染时间不超过 5 秒；数据库查询响应平均响应时间小于 200 毫秒；并发处理能力支持同时处理至少 10 个客户端请求。