Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP 服务器

PubMed MCP 服务器是基于 fastapi - mcp 的服务，为用户提供访问 PubMed 数据库的接口。借助该服务，用户能搜索 PubMed 文章、获取文章元数据，还可下载 PMC 文章的 PDF 文件。

🚀 快速开始

PubMed MCP 服务器是一个基于 fastapi - mcp 的服务，提供了对 PubMed 数据库的访问接口。你可以按照以下步骤启动服务：

1. 克隆仓库并安装依赖

git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 安装 uv 工具，用于管理虚拟环境和依赖项同步
pip install uv

2. 创建并激活虚拟环境

uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate  # Windows

3. 配置环境变量 创建 .env 文件来自定义配置：

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

默认情况下，PDF 文件将保存在 /tmp/pubmed - pdfs 目录下。 4. 启动服务

uv run main.py

服务器将在 http://localhost:8977 上运行。然后你可以在 mcp 客户端中配置这个 endpoint，并使用 SSE 模式。

✨ 主要特性

• 搜索文章：根据关键词搜索 PubMed 数据库中的文章。
• 获取元数据：获取特定 PubMed ID 的文章详细信息，包括标题、摘要、作者、关键词等。
• 下载 PDF：下载 PMC 文章的 PDF 文件到本地。

📦 安装指南

克隆仓库

git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 安装 uv 工具，用于管理虚拟环境和依赖项同步
pip install uv

创建并激活虚拟环境

uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate  # Windows

配置

创建 .env 文件来自定义配置：

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

默认情况下，PDF 文件将保存在 /tmp/pubmed - pdfs 目录下。

💻 使用示例

基础用法

启动服务：

uv run main.py

服务器将在 http://localhost:8977 上运行。然后你可以在 mcp 客户端中配置这个 endpoint，并使用 SSE 模式。

📚 详细文档

项目结构

.
├── app/               # API 应用定义
│   └── pubmed.py      # PubMed API 端点
├── core/              # 核心功能
│   └── config.py      # 配置管理
├── service/           # 服务层
│   ├── __init__.py    # 基础 URL 和工具函数
│   ├── file.py        # 文件下载功能
│   └── search.py      # PubMed 搜索和解析功能
├── tests/             # 测试目录
├── .env               # 环境变量配置
├── main.py            # 应用入口
└── pyproject.toml     # 项目依赖

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。详情请参阅 LICENSE 文件。