🎉 PRIDE 档案 MCP 搜索服务器

该项目实现了一个符合 模型上下文协议 (MCP) 的 API 服务器，提供搜索 PRIDE Archive（一个主要的蛋白质组学数据仓库）的工具。它允许 AI 模型（例如 Claude 或其他与 MCP 兼容的大语言模型）通过结构化的函数调用以编程方式交互蛋白质组学数据集。

🚀 功能

• ✅ 由 FastMCP 驱动的 MCP 服务器
• 🔍 PRIDE 档案搜索工具，可通过关键字、提交日期、流行度等查询数据集
• 🤖 对生物医学和蛋白质组学研究友好的 AI 工具
• ⚡ 支持 http（SSE）和 stdio 连接模式
• 🛠️ 通过添加更多工具轻松扩展

📦 安装

克隆仓库并安装依赖项：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

👨‍💻 使用方法

使用您首选的连接类型（http 或 stdio）启动 MCP 服务器：

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行参数

🔧 工具 API

search_archive_tool(...)

从 PRIDE 档案数据库获取蛋白质组学数据集。

在以下情况下使用：

• 搜索蛋白质组学研究数据
• 质谱数据集查询
• 生物医学数据集探索（例如癌症相关）
• 查找流行或特定的蛋白质组学项目

🤝 与 LLM 的集成

此服务器适用于任何支持模型上下文协议的 LLM，包括：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• 开源 MCP 客户端
• 自定义 RAG 管道

🧠 架构概述

+---------------------+       工具调用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE 档案 REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+