Pubchem MCP Server

🚀 PubChem MCP 服务器

PubChem MCP 服务器是一个基于模型上下文协议（MCP）的工具，它能让 AI 模型便捷地从 PubChem 数据库中检索化学化合物的数据，为化学研究和相关应用提供有力支持。

🚀 快速开始

PubChem MCP Server 是用 Python 实现的 MCP 服务器，能让 AI 模型查询 PubChem 数据库里的化合物信息。它通过标准 MCP 接口，可方便地访问化合物属性、2D 结构和 3D 分子坐标。

✨ 主要特性

• 灵活查询：可通过名称或 PubChem CID 查询化合物。
• 数据全面：能检索丰富的化合物数据，涵盖 IUPAC 名称、分子式、分子量、SMILES 符号、InChI 和 InChIKey 等。
• 多格式输出：支持 JSON（默认）、CSV、XYZ（3D 结构）等多种输出格式。
• 性能优化：内置缓存系统，提升查询性能；具备自动重试机制，确保 API 可靠性。
• 备用方案：若 PubChem 3D 不可用，可生成备用 3D 结构。

📦 安装指南

从源代码安装

# 克隆仓库
git clone https://github.com/yourusername/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

# 安装包
pip install -e .

# 为了增强的 3D 结构处理，使用 RDKit 进行安装
pip install -e ".[rdkit]"

📚 详细文档

MCP 配置

要将服务器与 Claude 或其他支持 MCP 的 AI 模型配合使用，需将以下内容添加到 MCP 配置文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

可用工具

get_pubchem_data

用于检索化学化合物的结构和属性数据。

• 参数：
  • query（必需）：化合物名称或 PubChem CID。
  • format（可选）：输出格式，可选 "JSON"（默认）、"CSV" 或 "XYZ"。
  • include_3d（可选）：是否包含 3D 结构（仅在格式为 "XYZ" 时有效）。
• 示例用法：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
<arguments>
{
  "query": "aspirin",
  "format": "JSON"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

download_structure

用于下载化合物的结构文件。

• 参数：
  • cid（必需）：PubChem CID。
  • format（可选）：文件格式，可选 "sdf"（默认）、"mol" 或 "smi"。
  • filename（可选）：自定义下载结构的文件名。
• 示例用法：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>download_structure</tool_name>
<arguments>
{
  "cid": "2244",
  "format": "sdf"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

项目结构

PubChemMCP
├── pubchem_mcp_server/
│   ├── __init__.py
│   ├── server.py
│   └── tools/
│       ├── get_pubchem_data.py
│       └── download_structure.py
└── README.md

缓存机制

• 数据访问后会进行缓存，以加快后续查询速度。
• 默认缓存时间为 24 小时。

🔧 技术细节

要求

• Python 3.8+
• Requests 库
• RDKit（可选，用于增强的 3D 结构处理）

📄 许可证

本项目遵守 MIT 许可证。