Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP 服务器

本项目是一个PubMed MCP服务器，借助 BioPython 的 Entrez 模块实现对PubMed文章摘要的搜索功能。同时，它利用 FastMCP 框架达成异步搜索，有效提升搜索效率。

🚀 快速开始

先决条件

• Python 3.8 或更高版本
• mcp[cli]
• BioPython

设置

1. 克隆仓库：

   git clone PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 安装依赖项： 使用 uv 安装所需包：

   uv add -r requirements.txt
   

3. 配置 Entrez 邮箱： 确保在代码中设置了有效的电子邮件地址（在 main.py 中）：

   Entrez.email = "give an email address"
   

运行服务器

通过运行以下命令启动PubMed MCP服务器：

uv run main.py

该命令使用 uv 命令行工具启动服务器（如您配置的那样）。

配置 MCP 客户端

要将MCP客户端配置为连接到PubMed MCP服务器，请创建或更新您的 config.json 文件，如下所示：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/codingaslu/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/codingaslu/OneDrive/Desktop/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

配置说明

• command：运行MCP服务器的命令行工具的完整路径（在此情况下为 uv）。
• args：
  • --directory：指定服务器所在的根目录。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server"：服务器根目录的路径。
  • "run" 和 "main.py"：启动PubMed MCP服务器的命令和入口点。

✨ 主要特性

• 搜索PubMed：根据关键词查询文章。
• 获取摘要：获取PubMed返回的文章摘要。
• 异步操作：使用异步执行（通过 asyncio.to_thread）避免阻塞服务器。

💻 使用示例

基础用法

一旦服务器运行且MCP客户端配置完成，您可以使用提供的工具：

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

这将返回一个字符串，其中包含摘要，摘要之间通过换行符分隔。

高级用法

您可以根据需求调整搜索关键词和最大结果数量：

search_pubmed(query="your_custom_query", max_results=20)

📄 许可证

此项目在 MIT License 下授权。您可以根据需要调整路径和详细信息。