Osdr MCP Server

🚀 🧠 OSDR MCP 服务器与代理

本项目仓库展示了如何将 MCP 代理集成到自定义工具中，从而实现与 NASA 的开放科学数据存储库（OSDR）进行交互。同时，仓库内包含了使用 Model Context Protocol (MCP) 工作流来分析和总结生物数据的示例代理。

🚀 快速开始

1. 克隆此仓库
2. 安装依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

3. 运行一个示例：

   python first_example/main.py
   

或直接启动 MCP 服务器：

python osdr_mcp/main_simple.py

✨ 主要特性

• 提供自定义 MCP 服务器，可与 OSDR 数据进行交互。
• 包含多个示例代理，展示不同场景下的使用方式，如简单代理、集成特定领域工具的代理以及完整的多代理工作流。
• 架构具有灵活性，可在文档问答、RAG 搜索或自定义分析工具之间切换。

📦 安装指南

克隆仓库

首先，将本仓库克隆到本地：

git clone [仓库地址]

安装依赖

进入项目目录，安装所需依赖：

pip install -r requirements.txt

📦 包含内容

osdr_mcp/

自定义 MCP 服务器，提供与 OSDR 数据交互的工具：

• osdr_fetch_metadata：获取给定 OSDR 数据集的元数据
• osdr_find_by_organism：按生物体过滤研究
• 其他工具（例如 RNA 分析）位于 osdr_viz_tools

first_example/

一个简单的代理，使用两个官方 MCP 服务器：

• mcp-server-fetch（无头浏览器）
• mcp-server-filesystem

此代理收集信息并生成一条推文大小的摘要。

second_example/

与 first_example 类似，但连接到 osdr_mcp/main_simple.py 定义的自定义 MCP 服务器。演示如何集成特定领域的工具，例如 OSDR 元数据检索器。

third_example/

一个完整的多代理工作流：

1. 获取代理 - 抓取 OSD 研究元数据
2. 定量分析代理 - 下载 RNA 计数数据并创建条形图
3. 摘要编写器代理 - 生成包含分析总结的 Markdown 报告

使用自定义 MCP 服务器：

• osdr_data_fetch
• osdr_viz_tools

🔧 技术细节

cp_agent.config.yaml 文件控制：

• LLM 后端（例如 Ollama、OpenAI）
• MCP 服务器连接
• 工具可用性
• 系统提示 / 元数据

🧩 集成说明

此架构旨在提供灵活性。您可以根据需要在文档问答、RAG 搜索或自定义分析工具之间切换。对于用户界面集成，理想的是使用模式开关或 UI 切换。基于 Milvus 的 RAG 支持正在开发中。

📚 详细文档

相关资源

• Model Context Protocol
• NASA OSDR API