Pubchem MCP Server

🚀 PubChem MCP 服务器

PubChem MCP 服务器是一个用于化学化合物搜索与分析的工具。它允许用户通过多种方式搜索化合物信息，还能对化合物进行详细分析，具备可视化、比较、保存等功能，为化学研究提供便利。

🚀 快速开始

要使用 PubChem MCP 服务器，你需要先完成安装，再进行配置和启动。以下是具体步骤：

📦 安装指南

克隆仓库

首先，将项目仓库克隆到本地，并进入项目目录：

git clone https://github.com/your-username/PubChem-MCP-Server.git
cd PubChem-MCP-Server

安装依赖项

确保你已经安装了 Python 3.10 或更高版本。然后运行以下命令安装所需的依赖项：

pip install mcp pubchempy pandas

💻 使用示例

创建配置文件

在你的项目目录中创建一个名为 pubchem_config.json 的文件，并添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubchem_mcp_server"]
    }
  }
}

启动服务器

运行以下命令启动 PubChem MCP 服务器：

python -m pubchem_mcp_server

✨ 主要特性

基本功能

化合物搜索

你可以使用以下查询格式在 Claude Desktop 中搜索化学化合物：

• 使用名称进行搜索：

  查找有关 aspirin 的 PubChem 信息。
  

• 使用 CID 进行搜索：

  显示 CID 2244 对应的化合物详细信息。
  

化合物分析

PubChem MCP 服务器提供以下详细的化合物分析功能：

• 化学结构和性质：包括分子式、分子量、SMILES 和 InChI 表示。
• 药理学性质：如溶解度、logP 值等。
• 生物活性：涵盖各种酶和受体的结合数据。
• 应用领域：药物开发、材料科学等。
• 安全与毒性信息：包括毒性和环境影响数据。

高级功能

可视化化合物

生成并显示化学化合物的 2D 或 3D 可视化图像。

比较化合物

比较多个化合物的性质和结构。

保存化合物

将化合物信息本地保存以便快速访问。

列出已保存化合物

查看所有已保存的化合物列表。

📚 详细文档

项目结构

• pubchem_server.py：PubChem MCP 服务器的主要实现文件，使用 FastMCP 框架。
• pubchem_search.py：包含搜索 PubChem 的示例代码。

依赖项

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging
• pubchempy（用于访问 PubChem API）
• pandas（用于数据处理）

安装所有依赖项请运行：

pip install mcp pubchempy pandas

🤝 贡献指南

欢迎贡献！请随意提交 Pull Request。

📄 许可证

本项目 licensed under the MIT License.

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究用途。请遵守 PubChem 的服务条款，负责任地使用此工具。