PubTator MCP Server 使用说明

1. 功能简介

PubTator MCP Server 提供以下核心功能：

1. 出版物导出（export_publications）

为指定的 PMID 文献导出 PubTator 注释结果：

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # 支持：pubtator、biocxml、biocjson
    full_text=False     # 是否包含全文
)

2. 实体 ID 查询（find_entity_id）

通过自由文本查询生物概念的标准标识符：

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # 可选：gene、disease、chemical、species、mutation
    limit=5             # 可选：限制结果数量
)

3. 关系查询（find_related_entities）

查找与指定实体相关的其他实体：

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # 可选：treat、cause、interact 等
    target_entity_type="chemical",  # 可选：gene、disease、chemical
    max_results=5       # 可选：限制结果数量
)

4. 文献搜索（search_pubtator）

搜索 PubTator 数据库：

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # 可选：要获取的最大页面数
)

5. 批量导出（batch_export_from_search）

搜索并批量导出文献注释：

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

注意：实际函数调用可能因具体实现而有所不同。这些示例基于我们最近的测试，可能需要根据您的实际情况进行调整。

2. 使用限制

• API 请求速率限制：最多每秒 3 次请求
• 批量导出时，请使用合理的 batch_size 避免超时
• 关系查询中，实体 ID 必须以 "@" 开头，例如 "@DISEASE_COVID-19"

3. 许可证

本项目 licensed under the MIT License.

4. 免责声明

此工具仅用于研究目的。请遵守 PubTator 的服务条款并负责任地使用此工具。