🚀 PubTator MCP Server 使用说明

PubTator MCP Server 是一个强大的工具，可提供文献注释导出、实体 ID 查询、关系查询等功能，帮助用户高效地处理生物医学文献数据。

🚀 快速开始

功能调用示例

PubTator MCP Server 提供了多种实用功能，以下是各功能的调用示例：

出版物导出（export_publications）

为指定的 PMID 文献导出 PubTator 注释结果：

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # 支持：pubtator、biocxml、biocjson
    full_text=False     # 是否包含全文
)

实体 ID 查询（find_entity_id）

通过自由文本查询生物概念的标准标识符：

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # 可选：gene、disease、chemical、species、mutation
    limit=5             # 可选：限制结果数量
)

关系查询（find_related_entities）

查找与指定实体相关的其他实体：

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # 可选：treat、cause、interact 等
    target_entity_type="chemical",  # 可选：gene、disease、chemical
    max_results=5       # 可选：限制结果数量
)

文献搜索（search_pubtator）

搜索 PubTator 数据库：

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # 可选：要获取的最大页面数
)

批量导出（batch_export_from_search）

搜索并批量导出文献注释：

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

⚠️ 重要提示

实际函数调用可能因具体实现而有所不同。这些示例基于我们最近的测试，可能需要根据您的实际情况进行调整。

✨ 主要特性

• 出版物导出：能为指定的 PMID 文献导出 PubTator 注释结果。
• 实体 ID 查询：可通过自由文本查询生物概念的标准标识符。
• 关系查询：查找与指定实体相关的其他实体。
• 文献搜索：搜索 PubTator 数据库。
• 批量导出：搜索并批量导出文献注释。

📦 安装指南

文档中未提及安装步骤，故跳过此章节。

💻 使用示例

基础用法

上述各功能的示例代码展示了基础的使用方法，可直接参考使用。

高级用法

目前文档未提供高级用法示例，若有更多复杂场景需求，可根据基础用法进行拓展。

📚 详细文档

使用限制

• API 请求速率限制：最多每秒 3 次请求。
• 批量导出时，请使用合理的 batch_size 避免超时。
• 关系查询中，实体 ID 必须以 "@" 开头，例如 "@DISEASE_COVID-19"。

📄 许可证

本项目根据 MIT 许可证授权。