AACT 临床试验 MCP 服务器

概述

一个基于 FastMCP 框架的 Model Context Protocol (MCP) 服务器实现，提供对 AACT（ClinicalTrials.gov 的综合分析）数据库的访问。该服务器允许 AI 助手直接从 ClinicalTrials.gov 数据库查询临床试验数据。

特性

工具

• list_tables

  • 获取 AACT 数据库中所有可用表的概述
  • 用于在进行分析之前了解数据库结构

• describe_table

  • 查看特定 AACT 表的详细结构
  • 显示列名和数据类型
  • 示例：{"table_name": "studies"}

• read_query

  • 在 AACT 临床试验数据库上执行 SELECT 查询
  • 安全处理 SQL 查询并进行验证
  • 示例：{"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5"}

• append_insight

  • 记录分析过程中发现的关键见解和成果
  • 帮助构建分析叙述
  • 示例：{"finding": "过去五年中，3 期肿瘤学试验增加了 15%"}

资源

• schema://database

  • 返回数据库模式的 JSON 资源

• memo://insights

  • 返回会话期间收集见解的格式化备忘录

配置

必要环境变量

• DB_USER: 您的 AACT 数据库用户名
• DB_PASSWORD: 您的 AACT 数据库密码

与语义内核一起使用

from semantic_kernel import Kernel
from semantic_kernel.connectors.mcp import MCPStdioPlugin

# 创建一个 AACT 临床试验 MCP 插件
aact_mcp = MCPStdioPlugin(
    name="aact",
    description="临床试验数据库插件",
    command="uvx",
    args=["mcp-server-aact"],
    env={
        "DB_USER": "your_aact_username", 
        "DB_PASSWORD": "your_aact_password"
    }
)

# 添加到语义内核
kernel = Kernel()
kernel.add_plugin(aact_mcp)

示例提示

以下是一些与该插件一起使用的示例提示：

1. "乳腺癌临床试验中最常见的干预类型有哪些？"
2. "2023 年完成的 3 期临床试验有多少项？"
3. "显示糖尿病试验在不同国家的入组统计数据"
4. "过去五年中，多少百分比的肿瘤学试验已报告结果？"

实现细节

该服务器使用以下技术构建：

• FastMCP 实现 Model Context Protocol
• Python psycopg2 用于 PostgreSQL 数据库连接
• AACT 数据库作为 ClinicalTrials.gov 信息的数据源

许可证

MIT 许可证

贡献

我们欢迎贡献！请：

• 在 GitHub 上打开问题
• 开始讨论
• 邮件：jonas.walheim@navis-bio.com

致谢

这个项目受到以下项目的启发并最初基于其代码：

• SQLite MCP 服务器
• DuckDB MCP 服务器
• OpenDataMCP

感谢这些杰出的项目为指引我们的道路！🙏