Aact Clinical Trials MCP Server

🚀 AACT 临床试验 MCP 服务器

本项目是一个基于 FastMCP 框架的 Model Context Protocol (MCP) 服务器实现，可提供对 AACT（ClinicalTrials.gov 的综合分析）数据库的访问。借助该服务器，AI 助手能够直接从 ClinicalTrials.gov 数据库查询临床试验数据，为临床试验数据的分析和利用提供了便利。

🚀 快速开始

若要使用此服务器，需配置必要的环境变量，然后可结合语义内核进行使用。以下是详细步骤：

配置环境变量

需设置两个必要的环境变量：

• DB_USER：您的 AACT 数据库用户名
• DB_PASSWORD：您的 AACT 数据库密码

与语义内核一起使用

from semantic_kernel import Kernel
from semantic_kernel.connectors.mcp import MCPStdioPlugin

# 创建一个 AACT 临床试验 MCP 插件
aact_mcp = MCPStdioPlugin(
    name="aact",
    description="临床试验数据库插件",
    command="uvx",
    args=["mcp-server-aact"],
    env={
        "DB_USER": "your_aact_username", 
        "DB_PASSWORD": "your_aact_password"
    }
)

# 添加到语义内核
kernel = Kernel()
kernel.add_plugin(aact_mcp)

✨ 主要特性

工具

• list_tables
  • 功能：获取 AACT 数据库中所有可用表的概述，帮助用户在进行分析之前了解数据库结构。
• describe_table
  • 功能：查看特定 AACT 表的详细结构，显示列名和数据类型。
  • 示例：{"table_name": "studies"}
• read_query
  • 功能：在 AACT 临床试验数据库上执行 SELECT 查询，安全处理 SQL 查询并进行验证。
  • 示例：{"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5"}
• append_insight
  • 功能：记录分析过程中发现的关键见解和成果，帮助构建分析叙述。
  • 示例：{"finding": "过去五年中，3 期肿瘤学试验增加了 15%"}

资源

• schema://database：返回数据库模式的 JSON 资源。
• memo://insights：返回会话期间收集见解的格式化备忘录。

💻 使用示例

基础用法

以下是与该插件一起使用的示例提示：

1. "乳腺癌临床试验中最常见的干预类型有哪些？"
2. "2023 年完成的 3 期临床试验有多少项？"
3. "显示糖尿病试验在不同国家的入组统计数据"
4. "过去五年中，多少百分比的肿瘤学试验已报告结果？"

🔧 技术细节

该服务器使用以下技术构建：

• FastMCP 实现 Model Context Protocol
• Python psycopg2 用于 PostgreSQL 数据库连接
• AACT 数据库作为 ClinicalTrials.gov 信息的数据源

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。

👐 贡献

我们欢迎大家贡献代码！如果您有改进建议或发现问题，请按以下步骤操作：

• 在 GitHub 上打开问题
• 开始讨论
• 邮件联系：jonas.walheim@navis-bio.com

🙏 致谢

这个项目受到以下项目的启发并最初基于其代码：

• SQLite MCP 服务器
• DuckDB MCP 服务器
• OpenDataMCP

感谢这些杰出的项目为我们指引道路！