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Automated Medical Coding
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什么是MCP服务器？
MCP服务器是一个用于医疗编码任务的自动化模型训练和评估工具。它支持多种模型，如CNN、Bi-GRU、CAML、MultiResCNN、LAAT和PLM-ICD，以及MIMIC-III和MIMIC-IV数据集。如何使用MCP服务器？
用户可以通过配置文件定义实验参数，并运行脚本启动训练或评估。MCP服务器还提供了预处理数据集和生成数据分割的功能。适用场景
MCP服务器适用于需要对电子健康记录中的临床文本进行自动医学编码的研究人员和开发人员。主要功能
支持多种模型MCP服务器支持CNN、Bi-GRU、CAML、MultiResCNN、LAAT和PLM-ICD等多种模型。
支持多个数据集MCP服务器支持MIMIC-III和MIMIC-IV数据集，提供不同的数据分割方式。
灵活配置用户可以通过配置文件自定义实验参数，包括模型、数据集、超参数等。
模型评估MCP服务器可以加载预训练模型并进行评估，无需重新训练。
优势与局限性
优势
支持多种模型和数据集
灵活的配置选项
易于使用和扩展
局限性
某些模型（如LAAT和PLM-ICD）可能不稳定
高内存需求（建议至少128GB RAM）
如何使用
安装依赖创建Conda环境并安装所需依赖。
准备数据下载并配置MIMIC-III或MIMIC-IV数据集。
配置实验编辑配置文件以定义实验参数。
运行实验使用主脚本启动训练或评估。
使用案例
训练PLM-ICD模型在MIMIC-III清洁版上训练PLM-ICD模型。
评估PLM-ICD模型加载预训练的PLM-ICD模型并进行评估。
常见问题
1
MCP服务器是否支持其他数据集？目前仅支持MIMIC-III和MIMIC-IV数据集，但我们计划在未来版本中增加更多数据集。
2
如何解决内存不足的问题？建议使用至少128GB RAM的机器运行MCP服务器。如果内存不足，可以尝试减少批量大小或使用更高效的硬件。
3
为什么某些模型会崩溃？某些模型（如LAAT和PLM-ICD）可能会因数值溢出导致崩溃。我们正在努力修复此问题。
相关资源
MIMIC-III数据集MIMIC-III数据集的官方下载页面。
MIMIC-IV数据集MIMIC-IV数据集的官方下载页面。
MCP服务器GitHub仓库MCP服务器的官方GitHub仓库。
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