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Pubtator MCP Server

Pubtator MCP Server

PubTator MCP Server是一个基于PubTator3的生物医学文献注释与关系挖掘服务器，通过MCP接口为AI助手提供便捷的文献检索、注释信息获取和实体关系分析功能。
研究与数据开发者工具#文献注释#生物医学#关系挖掘#MCP接口 .Python
2.5分
1
2025-04-29 02:44:26
概述
安装
内容详情
替代品

什么是PubTator MCP Server？

PubTator MCP Server是一个基于PubTator3的AI助手工具，用于搜索科学文献、获取注释信息以及分析实体间的关系。它通过Model Context Protocol（MCP）接口提供便利访问。

如何使用PubTator MCP Server？

用户可以通过安装MCP客户端并配置服务器来开始使用。支持多种编程语言和工具集成，例如Claude、Cursor、Windsurf等。

适用场景

适用于需要快速检索生物医学文献、分析实体关系的研究人员或开发者。

主要功能

文献注释导出支持以多种格式（如PubTator、BioC XML、JSON）导出文献的注释结果。
实体ID查询通过自由文本查询生物概念的标准标识符。
关系挖掘发现生物医学领域内实体之间的关系。
文献搜索支持通过关键词和实体ID检索文献。
批量处理支持从搜索结果中批量导出注释信息。

优势与局限性

优势
强大的生物医学文献注释能力
支持多种数据格式和批量处理
易于集成到现有系统中
局限性
API请求速率有限制（每秒最多3次）
大规模批量导出时需注意性能优化
关系查询需使用特定格式的实体ID

如何使用

安装MCP客户端在终端运行安装命令，例如使用Smithery CLI。
启动服务器在本地运行Python脚本或使用Docker容器启动服务器。
配置客户端根据需求配置客户端连接参数，如主机地址和端口号。

使用案例

案例1：文献注释导出导出关于SARS-CoV-2的文献注释信息。
案例2：实体关系挖掘查找与‘COVID-19’相关的化学物质。

常见问题

1
如何解决API请求超时问题？尝试减少每次请求的数据量或增加请求间隔时间。
2
实体ID必须以什么格式开头？实体ID必须以'@'开头，例如'@DISEASE_COVID_19'。
3
如何批量导出多个文献的注释信息？使用批量导出功能，设置合理的批处理大小。

相关资源

官方文档项目源码和详细文档。
Smithery CLI用于快速安装和配置MCP服务器的工具。
Docker Hub预构建的Docker镜像。
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安装
复制以下命令到你的Client进行配置
{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
      }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "stdio"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "tcp",
        "MCP_HOST": "127.0.0.1",
        "MCP_PORT": "8888"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}
注意：您的密钥属于敏感信息，请勿与任何人分享。