MCP Nextflow

🚀 下一代流程开发工具 MCP

MCP（模型上下文协议）服务器专为Nextflow的开发与测试而设计，借助FastMCP构建而成。它为Nextflow开发提供了一系列实用工具，能显著提升开发效率。

⚠️ 重要提示

该MCP是专门为Nextflow自身开发量身定制的，并非用于编写Nextflow管道。

🚀 快速开始

MCP提供了一套用于Nextflow开发的工具，涵盖从源代码构建Nextflow、运行各类测试、运行开发版本的Nextflow、管理开发目录以及访问文档等功能。

✨ 主要特性

• 从源代码构建Nextflow
• 运行测试（集成测试、特定测试、插件测试）
• 运行开发版本的Nextflow
• 管理Nextflow开发目录
• 访问Nextflow文档

📦 安装指南

先决条件

• Claude桌面应用程序
• Python 3.8+及更高版本，带pip
• 本地克隆的Nextflow代码仓库

使用FastMCP在Claude Desktop中安装

1. 安装FastMCP CLI工具：

pip install fastmcp

2. 克隆此仓库：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. 在Claude Desktop中安装MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

这将使MCP在Claude桌面应用程序中可用。

使用FastMCP在Cursor中安装

1. 获取包含FastMCP CLI工具的虚拟环境路径。如果使用uv，则位于.venv目录。
2. 获取您克隆的Nextflow代码仓库所在目录。
3. 将以下JSON添加到Cursor的MCP服务器配置中：

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

然后，您应该能够在Cursor中使用该MCP。在Agentic模式下，告诉代理运行make test module=plugins:nf-amazon以测试nf - amazon插件。

设置环境变量

您可以在安装期间指定Nextflow目录：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

💻 使用示例

在Claude中使用

一旦安装，您可以在Claude桌面应用程序中访问MCP：

1. 打开Claude Desktop
2. 点击Claude界面中的工具菜单按钮
3. 从已安装的MCP列表中选择Nextflow Developer Tools

在Cursor中使用

Cursor 是一个与Claude配合使用的AI增强代码编辑器。要在Cursor中使用MCP：

1. 确保您已经按照上述步骤安装了MCP
2. 在Cursor中打开您的Nextflow项目
3. 在与Claude的聊天中，您可以引用MCP：

使用Nextflow开发工具运行nf-amazon插件的集成测试