Biomart MCP 服务器

与 Biomart 对接的 MCP 服务器

模型上下文协议 (MCP) 是一个开放协议，旨在标准化应用程序为 Anthropic 的 LLM 提供上下文的方式。我们使用 MCP Python 工具包 创建了一个 MCP 服务器，通过 pybiomart 包与 Biomart 进行交互。

有一个简短的演示视频，展示了 Claude Desktop 中 MCP 服务器的实际操作。

安装

克隆仓库

git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp

在 Claude Desktop 上运行

uv run --with mcp[cli] mcp install --with pybiomart biomart-mcp.py

在 Cursor 中使用

通过 Cursor 的代理模式，其他模型也可以利用 MCP 服务器，例如来自 OpenAI 或 DeepSeek。点击 Cursor 设置中的齿轮图标，导航到 MCP，然后在全局配置或项目范围中添加 MCP 服务器。例如，在项目目录下创建 .cursor/mcp.json 文件：

{
    "mcpServers": {
        "Biomart": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--with",
                "mcp[cli]",
                "--with",
                "pybiomart",
                "mcp",
                "run",
                "/your/path/to/biomart-mcp.py"
            ]
        }
    }
}

在 Glama 中使用

开发

# 创建虚拟环境
uv venv

# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

uv sync # 或 uv add mcp[cli] pybiomart

# 以开发模式运行服务器
mcp dev biomart-mcp.py

功能

Biomart-MCP 提供了多种工具与 Biomart 数据库交互：

• 数据库和服务发现：列出可用的 Mart 和数据集，探索 Biomart 数据库结构
• 属性和过滤器探索：查看特定数据集的通用或所有可用属性和过滤器
• 数据检索：使用特定属性和过滤器查询 Biomart 获取生物数据
• 标识符转换：在不同生物标识符之间进行转换（例如，将基因符号转换为 Ensembl ID）

贡献

欢迎提交拉取请求！关于开发的一些注意事项：

• 我们仅在此处使用 @mcp.tool()，这是为了与支持 MCP 的客户端最大化兼容，如 文档 中所述。
• 我们使用 @lru_cache 来缓存那些计算量大或调用外部 API 的函数结果。
• 需要注意不要超出模型上下文窗口的大小，例如在代码块中保持适当的格式和简洁。

未来可能的功能

• 扩展属性支持：增加对更多生物医学相关属性的支持
• 高级过滤功能：开发更复杂的查询逻辑以满足高级用户需求
• 结果可视化：集成数据可视化工具帮助用户更好地理解分析结果