Chemcp

🚀 ChemCP - 分子查看器MCP应用程序

ChemCP是一款基于MCP应用程序的工具，它借助RDKit.js，能够将SMILES符号转换为交互式的2D分子结构示意图。你只需向AI助手提出查看分子的需求，ChemCP就能直接在聊天界面中展示分子结构及其相关计算属性。

✨ 主要特性

• 2D结构示意图：可根据任意有效的SMILES字符串渲染出对应的2D结构示意图。
• 分子属性：提供多种分子属性信息，如分子量、LogP值、氢键供体/受体数量、拓扑极性表面积（TPSA）、可旋转键数量、环数量等。
• 交互式用户界面：用户无需离开对话界面，即可自行输入SMILES字符串或点击示例分子进行查看。
• 强大的技术支持：由RDKit提供技术支持（制药和生物技术领域常用的化学信息学工具包）。

若你需要更多功能，可尝试使用 ChemIllusion。

📦 安装指南

前提条件

• Node.js 18+：可从此处下载。
• Claude Desktop（推荐）或 Claude.ai 付费计划（Pro/Max/Team）：交互式分子查看器需要支持 MCP应用程序 的宿主环境。

⚠️ 重要提示

Claude Desktop 全面支持 MCP 应用程序。Claude.ai 的自定义连接器目前处于实验阶段，可能存在内容安全策略（CSP）限制，导致 RDKit.js 无法加载。若在 Claude.ai 中看到 “RDKit.js failed to load” 提示，请使用 Claude Desktop。

在Claude Desktop上的安装步骤

Claude Desktop 支持本地 MCP 服务器，无需使用隧道或远程托管。

步骤1：安装ChemCP

npm install -g chemcp

验证安装是否成功：

chemcp --help

（安装成功后，将在标准输入输出上启动 MCP 服务器，你可以使用 Ctrl+C 停止它。）

步骤2：配置Claude Desktop

打开你的 Claude Desktop 配置文件：

在 mcpServers 部分添加 ChemCP：

{
  "mcpServers": {
    "chemcp": {
      "command": "npx",
      "args": ["chemcp"]
    }
  }
}

💡 使用建议

若你已配置其他 MCP 服务器，只需在现有的 "mcpServers" 对象中添加 "chemcp" 条目即可。

步骤3：重启Claude Desktop

关闭并重新打开 Claude Desktop。你应该会在 MCP 工具列表中看到 ChemCP（点击聊天输入框底部的锤子图标）。

步骤4：测试使用

在聊天框中输入类似以下的消息：

• "Show me the molecule for aspirin"（显示阿司匹林的分子结构）
• "Render the structure of caffeine"（渲染咖啡因的结构）
• "Display SMILES: CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"（显示 SMILES 为 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O 的分子结构）

Claude 将调用 render_molecule 工具，对话界面中将显示交互式分子查看器，展示 2D 结构和分子属性。

在Claude.ai（网页版）上的安装步骤（实验性）

⚠️ 重要提示

Claude.ai 的自定义连接器对 MCP 应用程序的支持处于实验阶段，CSP 限制可能会导致 RDKit.js 无法加载。为获得最佳体验，请使用 Claude Desktop。

Claude.ai 通过 自定义连接器 支持远程 MCP 服务器。这需要使用 Claude 的付费计划（Pro、Max 或 Team）。

步骤1：安装并启动服务器

npm install -g chemcp

以 HTTP 模式启动服务器：

chemcp --http

服务器将在 http://localhost:3001/mcp 上启动。

步骤2：使用隧道公开服务器

在另一个终端中，为本地服务器创建一个公共隧道：

npx cloudflared tunnel --url http://localhost:3001

复制生成的 URL（例如，https://random-name.trycloudflare.com）。

步骤3：在Claude.ai中添加自定义连接器

1. 访问 claude.ai
2. 点击左下角的个人资料图片
3. 进入 设置 > 连接器
4. 点击 添加自定义连接器
5. 粘贴你的隧道 URL 并加上 /mcp（例如，https://random-name.trycloudflare.com/mcp）
6. 为连接器命名，如 "ChemCP"
7. 保存设置

步骤4：测试使用

开始一个新的聊天会话，向 Claude 询问分子结构：

• "Show me the structure of ibuprofen"（显示布洛芬的结构）
• "What does benzene look like? Render it for me"（苯是什么样子的？为我渲染出来）
• "Render SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C"（渲染 SMILES 为 CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C 的分子结构）

交互式分子查看器将直接在聊天界面中渲染。

💻 使用示例

示例提示

连接成功后，你可以尝试以下提示：

示例SMILES

📚 详细文档

故障排除

"I don't see the molecule viewer, just text"（只看到文本，未看到分子查看器）

交互式用户界面仅在支持 MCP 应用程序 的宿主环境中可用：

• Claude Desktop（最新版本）
• Claude.ai（网页版，使用自定义连接器）

若你使用的是 Claude Code（命令行界面）或其他不支持 MCP 应用程序的 MCP 客户端，该工具仍会以文本形式返回 SMILES 数据，但不会显示可视化渲染结果。

"Tool not found" 或 ChemCP 未列出

• Claude Desktop：确保在编辑配置文件后重启了应用程序，并检查 npx chemcp 是否能在终端中正常运行。
• Claude.ai：确保隧道仍在运行，并且连接器 URL 以 /mcp 结尾。

"RDKit.js failed to load from CDN"（无法从 CDN 加载 RDKit.js）

• Claude.ai 自定义连接器：CSP 限制可能会导致在使用自定义连接器时无法加载 RDKit.js。解决方案：使用 Claude Desktop，它全面支持 MCP 应用程序。
• Claude Desktop：若 RDKit.js 加载失败，通常是由以下原因导致的：
  • 无网络连接（RDKit.js 从 unpkg.com 加载，约 8 MB）
  • 网络防火墙阻止了 CDN 访问
  • 首次加载超时 — 重新加载聊天会话并再次尝试

Node.js 版本

ChemCP 需要 Node.js 18 或更高版本。你可以使用以下命令检查版本：

node --version

开发者相关

本地开发

git clone https://github.com/scottmreed/ChemCP.git
cd ChemCP
npm install
npm run build
npm run serve:http    # HTTP 模式用于测试

项目结构

工作原理

1. Claude 调用 render_molecule 工具并传入 SMILES 字符串。
2. 服务器将 SMILES 字符串返回给 MCP 应用程序 UI。
3. UI 在浏览器中加载 RDKit.js（WebAssembly）。
4. RDKit 解析 SMILES 字符串并渲染 2D SVG 结构示意图。
5. 在客户端计算分子描述符（分子量、LogP 值、TPSA 等）。
6. 所有内容将显示在聊天界面的沙盒 iframe 中。

使用基本宿主进行测试

ext-apps 仓库中包含一个用于 MCP 应用程序开发的测试宿主：

# 终端 1 — 以 HTTP 模式运行 ChemCP
npm run serve:http

# 终端 2 — 运行测试宿主
git clone https://github.com/modelcontextprotocol/ext-apps.git
cd ext-apps/examples/basic-host
npm install
SERVERS='["http://localhost:3001/mcp"]' npm start
# 打开 http://localhost:8080

📄 许可证

文档中未提及相关许可证信息。

🔗 相关链接

• npm 包
• MCP 注册表
• MCP 应用程序文档
• RDKit.js
• ChemIllusion — 提供更复杂的分子交互功能