Surechembl MCP Server

🚀 非官方 SureChEMBL MCP 服务器

这是一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问 SureChEMBL 化学专利数据库。该服务器提供了专利搜索、化学发现、结构分析和专利情报研究等工具。

由 Augmented Nature 开发

🚀 快速开始

SureChEMBL 是一个大规模的化学专利数据库，可提供化学结构及其相关专利文档的访问。此 MCP 服务器能够与 SureChEMBL 的 API 实现无缝集成，提供强大的工具用于：

• 专利情报：搜索和分析化学专利
• 化学发现：查找化合物及其专利覆盖范围
• 现有技术研究：识别现有的化学公开信息
• 竞争分析：跟踪各公司的化学发展情况
• 构效分析：将化学结构与专利权利要求相关联

✨ 主要特性

🔍 文档与专利搜索（4 种工具）

• search_patents - 按文本、关键词或标识符搜索专利
• get_document_content - 获取带有化学注释的完整专利文档内容
• get_patent_family - 获取专利族成员及其关系
• search_by_patent_number - 按特定专利号搜索

🧪 化学物质搜索与检索（4 种工具）

• search_chemicals_by_name - 按名称或同义词搜索化学物质
• get_chemical_by_id - 按 SureChEMBL ID 获取详细的化学物质信息
• search_by_smiles - 按 SMILES 结构表示法搜索化学物质
• search_by_inchi - 按 InChI/InChI 键搜索化学物质

🖼️ 结构与可视化（2 种工具）

• get_chemical_image - 生成化学结构图像
• get_chemical_properties - 获取分子性质和描述符

📊 数据导出与分析（2 种工具）

• export_chemicals - 批量导出化学物质数据（CSV/XML 格式）
• analyze_patent_chemistry - 分析专利中的化学物质内容

🔬 高级分析工具（3 种工具）

• get_chemical_frequency - 获取化学物质在整个专利数据库中的频率统计信息
• search_similar_structures - 使用相似性搜索查找结构相似的化学物质
• get_patent_statistics - 获取专利中化学物质内容的统计概述

📚 资源模板

• surechembl://document/{doc_id} - 专利文档内容
• surechembl://chemical/{chem_id} - 化合物数据
• surechembl://family/{patent_id} - 专利族信息
• surechembl://search/{query} - 搜索结果

📦 安装指南

前提条件

• Node.js 18+
• npm 或 yarn

安装依赖项

npm install

构建服务器

npm run build

开发模式

npm run watch

💻 使用示例

启动服务器

npm start

在 Claude Desktop 中使用

将以下内容添加到你的 Claude Desktop 配置文件中： macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "surechembl-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/surechembl-server/build/index.js"]
    }
  }
}

在 MCP Inspector 中使用

npm run inspector

基础用法

按名称搜索化学物质

// 搜索与阿司匹林相关的化合物
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "search_chemicals_by_name",
  arguments: {
    name: "aspirin",
    limit: 10,
  },
});

获取专利文档内容

// 获取带有化学注释的完整专利文档
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_document_content",
  arguments: {
    document_id: "WO-2020096695-A1",
  },
});

生成化学结构图像

// 根据 SMILES 生成结构图像
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_chemical_image",
  arguments: {
    structure: "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
    width: 300,
    height: 200,
  },
});

分析专利中的化学物质

// 分析专利中的化学注释
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "analyze_patent_chemistry",
  arguments: {
    document_id: "US-2021123456-A1",
  },
});

📚 详细文档

工具参考

文档与专利搜索

search_patents

按文本、关键词或标识符搜索专利。 参数：

• query（字符串，必需）：搜索查询
• limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）
• offset（数字，可选）：结果偏移量（默认值：0）

get_document_content

获取带有化学注释的完整专利文档内容。 参数：

• document_id（字符串，必需）：专利文档 ID（例如，WO - 2020096695 - A1）

get_patent_family

获取专利族成员及其关系。 参数：

• patent_id（字符串，必需）：用于查找族成员的专利 ID

search_by_patent_number

按特定专利号搜索专利。 参数：

• patent_number（字符串，必需）：专利号或公开号

化学物质搜索与检索

search_chemicals_by_name

按名称、同义词或通用名搜索化学物质。 参数：

• name（字符串，必需）：化学物质名称或同义词
• limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）

get_chemical_by_id

按 SureChEMBL 化学物质 ID 获取详细的化学物质信息。 参数：

• chemical_id（字符串，必需）：SureChEMBL 化学物质 ID（数字）

search_by_smiles

按 SMILES 结构表示法搜索化学物质。 参数：

• smiles（字符串，必需）：SMILES 字符串
• limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）

search_by_inchi

按 InChI 或 InChI 键搜索化学物质。 参数：

• inchi（字符串，必需）：InChI 字符串或 InChI 键
• limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）

结构与可视化

get_chemical_image

根据 SMILES 或其他结构表示法生成化学结构图像。 参数：

• structure（字符串，必需）：SMILES 字符串或结构表示法
• height（数字，可选）：图像高度（像素）（默认值：200）
• width（数字，可选）：图像宽度（像素）（默认值：200）

get_chemical_properties

获取化学物质的分子性质和描述符。 参数：

• chemical_id（字符串，必需）：SureChEMBL 化学物质 ID

数据导出与分析

export_chemicals

以 CSV 或 XML 格式批量导出化学物质数据。 参数：

• chemical_ids（数组，必需）：SureChEMBL 化学物质 ID 数组（1 - 100）
• output_type（字符串，可选）：导出格式 - 'csv' 或 'xml'（默认值：csv）
• kind（字符串，可选）：ID 类型 - 'cid' 或 'smiles'（默认值：cid）

analyze_patent_chemistry

分析专利文档中的化学物质内容和注释。 参数：

• document_id（字符串，必需）：要分析的专利文档 ID

高级分析工具

get_chemical_frequency

获取化学物质在整个专利数据库中的频率统计信息。 参数：

• chemical_id（字符串，必需）：SureChEMBL 化学物质 ID

search_similar_structures

使用相似性搜索查找结构相似的化学物质。 参数：

• reference_id（字符串，必需）：用于相似性搜索的参考化学物质 ID
• threshold（数字，可选）：相似性阈值（0.0 - 1.0，默认值：0.7）
• limit（数字，可选）：返回的结果数量（1 - 100，默认值：25）

get_patent_statistics

获取专利中化学物质内容的统计概述。 参数：

• document_id（字符串，必需）：用于统计的专利文档 ID
• include_annotations（布尔值，可选）：包括详细的注释统计信息（默认值：true）

资源模板

文档资源

surechembl://document/{doc_id}

访问带有化学注释的完整专利文档内容。

化学物质资源

surechembl://chemical/{chem_id}

访问化合物信息和性质。

专利族资源

surechembl://family/{patent_id}

访问专利族成员及其关系。

搜索资源

surechembl://search/{query}

访问查询的化学搜索结果。

🔧 技术细节

错误处理

服务器包含全面的错误处理机制，用于处理以下情况：

• 无效的 API 参数
• 网络超时和连接问题
• API 速率限制
• 格式错误的化学结构
• 缺失的文档或化学物质

所有错误都会返回描述性消息和适当的错误代码。

速率限制

服务器遵守 SureChEMBL 的 API 速率限制：

• 复杂请求的 30 秒超时
• 合理的请求间隔
• 针对临时故障的自动重试逻辑

开发

项目结构

surechembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # 主服务器实现
├── build/                # 编译后的 JavaScript
├── package.json          # 依赖项和脚本
├── tsconfig.json         # TypeScript 配置
└── README.md            # 本文件

可用脚本

• npm run build - 将 TypeScript 编译为 JavaScript
• npm run watch - 开发模式下的监听模式
• npm run inspector - 运行 MCP 检查器
• npm start - 启动服务器
• npm run dev - 带监听的开发模式

贡献

1. 分叉仓库
2. 创建功能分支
3. 进行更改
4. 如有必要添加测试
5. 提交拉取请求

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证 - 详情请参阅 LICENSE 文件。

支持

如有问题和疑问：

• GitHub 问题：报告错误和提出功能请求
• 文档：SureChEMBL API 文档

相关项目

• ChEMBL MCP Server - ChEMBL 生物活性数据库
• PubChem MCP Server - PubChem 化学数据库
• UniProt MCP Server - UniProt 蛋白质数据库

引用

如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：

@misc{surechemblmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {SureChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/SureChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}

SureChEMBL MCP 服务器 - 通过模型上下文协议赋能化学专利情报。