Opentargets MCP Server

🚀 非官方Open Targets MCP服务器 🧬

这是一个非官方的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问Open Targets平台数据，以开展基因 - 药物 - 疾病关联研究。

由 增强自然 开发

✨ 主要特性

所有6个工具均可使用实时的Open Targets API数据：

• 🎯 靶点搜索 - 基因符号、名称、描述（如BRCA1、TP53等）
• 🦠 疾病搜索 - 名称、同义词、描述（如癌症、糖尿病等）
• 🔗 靶点 - 疾病关联 - 来自20多个数据库的证据评分
• 📊 疾病靶点总结 - 优先排序的治疗靶点
• 🧬 靶点详情 - 全面的基因/蛋白质信息
• 🎭 疾病详情 - 包含本体论的完整疾病概况

🚀 快速开始

# 安装并构建
npm install
npm run build

# 运行服务器
node build/index.js

📦 安装指南

Claude桌面版配置

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他MCP客户端

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

💻 使用示例

基础用法

可用工具示例

🎯 search_targets

按基因符号、名称或描述搜索治疗靶点

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // 基因符号、名称或描述
    "size": 10 // 可选：1 - 500条结果（默认：25）
  }
}

示例结果：

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA修复相关
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA修复相关
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1相互作用DNA解旋酶1

🦠 search_diseases

按名称、同义词或描述搜索疾病

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // 疾病名称、同义词或描述
    "size": 10 // 可选：1 - 500条结果（默认：25）
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

获取靶点 - 疾病关联及证据评分

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // 靶点Ensembl ID
    "size": 10 // 可选：1 - 500条结果
  }
}

或者

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病EFO ID
    "size": 10 // 可选：1 - 500条结果
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

获取与疾病相关的优先排序靶点

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病EFO ID（必需）
    "size": 20 // 可选：1 - 500个靶点（默认：50）
  }
}

🧬 get_target_details

获取全面的靶点信息

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // 靶点Ensembl基因ID
  }
}

🎭 get_disease_details

获取全面的疾病信息

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // 疾病EFO ID
  }
}

高级用法

实际应用示例

癌症研究工作流

# 1. 搜索与癌症相关的靶点
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. 获取特定靶点的详细信息
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. 查找与BRCA1相关的所有疾病
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. 获取乳腺癌的顶级靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

药物发现流程

# 1. 搜索阿尔茨海默病
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. 获取疾病详情
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. 查找优先排序的治疗靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

📚 详细文档

资源模板

通过标准化的URI访问Open Targets数据：

• opentargets://target/{ensemblId} - 完整的靶点信息
• opentargets://disease/{efoId} - 完整的疾病信息
• opentargets://drug/{chemblId} - 药物信息
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - 关联证据
• opentargets://search/{query} - 搜索结果

🔧 技术细节

数据源与标准

Open Targets整合了20多个数据库：

• ChEMBL - 药物与化合物数据
• Ensembl - 基因与蛋白质注释
• EFO - 实验因素本体论
• ClinVar - 临床变异数据
• GWAS Catalog - 全基因组关联研究
• UniProt - 蛋白质序列与功能
• Reactome - 生物途径
• 还有更多...

标准化标识符：

• 靶点：Ensembl基因ID（如ENSG00000012048）
• 疾病：EFO ID（如EFO_0000305）
• 药物：ChEMBL ID（如CHEMBL1234）

架构

• 使用TypeScript实现，具备强大的类型安全性
• 使用GraphQL查询，实现高效的数据检索
• 符合MCP协议的JSON - RPC通信
• 具备全面验证的错误处理机制
• 具备生产就绪能力，有30秒超时设置和适当的日志记录

📄 许可证

API信息

• 基础URL：https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• 版本：Open Targets v25.0.1
• 速率限制：研究使用限制宽松
• 认证：无需认证
• 格式：GraphQL查询，JSON响应

🤝 贡献说明

本服务器由 增强自然 开发和维护。若要进行功能增强：

1. 分叉仓库
2. 进行更改
3. 提交拉取请求

支持

若遇到以下问题：

• MCP服务器：检查服务器日志和错误输出
• Open Targets API：访问 platform.opentargets.org
• GraphQL查询：使用 Open Targets GraphQL浏览器

引用

如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：

@misc{opentargetsmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}