Bioontology MCP Server

🚀 非官方生物本体论MCP服务器

这是一个可用于生产环境的模型上下文协议（MCP）服务器，它提供了对生物本体论API的全面访问，可用于搜索、注释和探索超过1200种生物本体论。

🚀 快速开始

要使用此服务器，你需要获取一个BioOntology API密钥。你可以从 BioPortal 获取：

1. 在 https://bioportal.bioontology.org/ 创建一个账户。
2. 从你的账户设置中生成一个API密钥。
3. 设置环境变量：

export BIOONTOLOGY_API_KEY=your_api_key_here

✨ 主要特性

搜索与发现

• search_terms - 通过高级过滤选项在本体论术语中进行搜索。
• search_properties - 按标签和ID搜索本体论属性。
• search_ontologies - 按名称、描述或领域查找本体论。
• get_ontology_info - 获取特定本体论的详细信息。

文本分析

• annotate_text - 分析文本并识别相关的本体论术语。
• recommend_ontologies - 获取针对文本或关键词的本体论推荐。
• batch_annotate - 高效处理多个文本的注释。

本体论导航

• get_class_info - 获取本体论类别的详细信息。

分析与元数据

• get_ontology_metrics - 获取使用统计和质量指标。
• get_analytics_data - 获取访问者统计和流行趋势。

📦 安装指南

1. 克隆或下载此服务器。
2. 安装依赖项：

npm install

3. 构建服务器：

npm run build

💻 使用示例

运行服务器

node build/index.js

该服务器在标准输入输出上运行，并实现了MCP协议，用于与兼容MCP的客户端进行通信。

资源模板

服务器提供了几个用于直接数据访问的资源模板：

• bioontology://ontology/{acronym} - 完整的本体论信息。
• bioontology://class/{ontology}/{class_id} - 本体论类别详细信息。
• bioontology://search/{query} - 术语搜索结果。
• bioontology://annotations/{text} - 文本注释结果。
• bioontology://recommendations/{input} - 本体论推荐。
• bioontology://analytics/{ontology} - 分析数据。

示例工具调用

搜索术语：

{
  "tool": "search_terms",
  "arguments": {
    "query": "diabetes",
    "ontologies": "NCIT,DOID",
    "require_definitions": true,
    "pagesize": 10
  }
}

注释文本：

{
  "tool": "annotate_text",
  "arguments": {
    "text": "The patient has diabetes mellitus and hypertension",
    "ontologies": "NCIT,DOID,HP",
    "longest_only": true
  }
}

获取本体论推荐：

{
  "tool": "recommend_ontologies",
  "arguments": {
    "input": "cancer treatment protocols",
    "input_type": 1,
    "output_type": 1
  }
}

批量注释多个文本：

{
  "tool": "batch_annotate",
  "arguments": {
    "texts": ["diabetes mellitus", "cardiac arrest", "lung cancer"],
    "ontologies": "NCIT",
    "longest_only": true
  }
}

📚 详细文档

支持的本体论

该服务器可与BioPortal中可用的所有本体论（1200多种）配合使用，包括： 医学/临床：

• NCIT - NCI术语表（癌症术语）
• DOID - 疾病本体论
• HP - 人类表型本体论
• MESH - 医学主题词表

生物/化学：

• GO - 基因本体论
• UBERON - 解剖学本体论
• CHEBI - 具有生物学意义的化学实体

以及1190多种更专业的本体论

与MCP客户端集成

此服务器与任何支持MCP的客户端兼容。常见的选项包括：

• Claude Desktop - 添加到你的MCP配置中。
• VSCode扩展 - 与兼容MCP的扩展一起使用。
• 自定义应用程序 - 通过MCP协议进行集成。

MCP配置示例

添加到你的MCP客户端配置中：

{
  "servers": {
    "bioontology": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/bioontology-server/build/index.js"],
      "env": {
        "BIOONTOLOGY_API_KEY": "your_api_key_here"
      }
    }
  }
}

高级特性

输入验证

• 全面的参数验证，带有适当的错误消息。
• 对所有输入进行类型检查。
• 对数字参数进行范围验证。
• 对受限值进行枚举验证。

错误处理

• 优雅地处理API错误。
• 结构化的错误响应。
• 网络超时管理。
• 认证错误报告。

性能

• 高效的API请求处理。
• 适当的超时管理。
• 内存使用优化。
• 支持并发请求。

API文档

有关详细的BioOntology API文档，请参阅：https://data.bioontology.org/documentation

生产使用

此服务器已经过全面测试，可用于生产环境。它提供：

• 可靠的API集成，具有强大的错误处理能力。
• 全面的输入验证，适用于所有工具。
• 完全符合MCP协议，实现无缝集成。
• 支持1200多种本体论，涵盖所有生物领域。
• 高性能，优化了响应时间。

📄 许可证

本项目采用MIT许可证，详情请参阅LICENSE文件。

📚 引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下方式引用：

@misc{yourproject2025,
  author       = {Moudather Chelbi},
  title        = {Augmented Nature BioOntology MCP Server},
  year         = {2025},
  howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/BioOntology-MCP-Server},
}