Ols MCP Server

🚀 OLS MCP 服务器

大语言模型在处理本体时表现不佳，常常会虚构术语或其标识符。本服务器提供了一种可靠的方式来访问和查询本体，确保信息准确且最新。

本仓库包含一个模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问 本体查询服务（OLS） API。该服务器使 AI 助手能够从各种生物和医学本体中搜索和检索本体术语、概念和层次结构。

本服务器旨在与 Claude Desktop 等 AI 助手无缝协作，允许用户使用自然语言查询本体。它支持广泛的本体，包括基因本体（GO）、人类表型本体（HP）等等。

未启用（下图上半部分）和启用 mcp 服务器（下图下半部分）的对比：

✨ 主要特性

OLS MCP 服务器提供以下工具：

• 🔍 搜索术语：跨本体搜索术语，并支持灵活过滤
• 📚 搜索本体：发现可用的本体及其元数据
• ℹ️ 获取本体信息：检索特定本体的详细信息
• 🎯 获取术语信息：获取特定术语的全面详细信息
• 🌳 获取术语子项：查找本体层次结构中的直接子术语
• 👨‍👩‍👧‍👦 获取术语祖先：检索父术语和祖先
• 🤖 查找相似术语：使用大语言模型嵌入发现语义相似的术语

📦 安装指南

前提条件

• Python 3.12 或更高版本
• uv 包管理器

安装 uv（如果尚未安装）

# macOS/Linux
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# Windows
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

安装 OLS MCP 服务器

# 克隆仓库
git clone https://github.com/seandavi/ols-mcp-server.git
cd ols-mcp-server

# 安装依赖
uv sync

# 作为工具安装（可选）
uv tool install .

💻 使用示例

基础用法

在与 Claude Desktop 完成配置后，你可以使用自然语言与 OLS API 进行交互：

# 搜索术语
> "在人类表型本体中搜索与糖尿病相关的术语"
> "在基因本体中查找所有包含 '细胞凋亡' 的术语"

# 获取本体信息
> "告诉我关于基因本体的信息"
> "有哪些适用于化合物的本体？"

# 探索术语层次结构
> "展示基因本体中 '代谢过程' 术语的子项"
> "HP:0000118 的祖先术语有哪些？"

# 查找相似术语
> "在基因本体中查找与 '心脏发育' 相似的术语"

📚 详细文档

开发环境设置

1. 克隆仓库：

   git clone <repository-url>
   cd ols-mcp-server
   

2. 安装依赖：

   uv sync --extra dev
   

3. 激活虚拟环境：

   source .venv/bin/activate  # macOS/Linux
   # 或者
   .venv\Scripts\activate     # Windows
   

代码质量

# 格式化代码
uv run ruff format

# 代码检查
uv run ruff check

# 类型检查
uv run mypy src/

添加新特性

1. 在 src/ols_mcp_server/server.py 中使用 @mcp.tool() 装饰器添加新工具
2. 在 src/ols_mcp_server/models.py 中创建模型以实现结构化响应
3. 更新测试以覆盖新功能
4. 根据需要更新文档

API 文档

服务器与 EBI 本体查询服务 API v2 进行交互。关键端点如下：

• 搜索：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/search
• 本体：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies
• 术语：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/terms
• 层次结构：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies/{ontology}/classes/{term}/children

🔧 技术细节

支持的本体

服务器可与通过 EBI 本体查询服务获取的任何本体协同工作，包括：

• GO（基因本体）
• EFO（实验因子本体）
• HP（人类表型本体）
• MONDO（君主疾病本体）
• ChEBI（生物相关化学实体）
• UBERON（超级解剖学本体）
• 还有更多...

🔧 故障排除

常见问题

1. 未找到服务器：确保在你的 Claude 配置中服务器的路径正确
2. 权限错误：确保服务器脚本可执行
3. 网络错误：检查你的互联网连接和防火墙设置
4. Python 版本：确保使用的是 Python 3.12 或更高版本

🤝 贡献指南

1. 分叉仓库
2. 创建功能分支：git checkout -b feature-name
3. 进行更改
4. 运行测试：uv run pytest
5. 格式化代码：uv run ruff format
6. 提交拉取请求

📄 许可证

文档中未提及许可证相关信息。

🙏 致谢

• EBI 本体查询服务 提供 API
• FastMCP 提供 MCP 框架
• 本体社区维护这些宝贵资源